r - R使用带有LD功能的Tapply

Question

我正在尝试使用遗传学包中的 LD() 函数执行连锁不平衡计算。不知道的可以写成这样：

g1=genotype(a)
g2=genotype(b)
LD(g1,g2)

其中 a 和 b 是字符

鉴于此，我有一个包含 4 列和大量行的数据框，我试图找到其中 2 列的 LD。假设 df$col3 和 df$col4 代表上面示例中的 a 和 b，我将如何进行计算？

我正在考虑使用tapply，因为for循环将永远花费：

tapply(df$col3,df$col4,function)

问题是我无法找到一种方法来为它们所在的特定行设置以下内容：

g1=genotype(row "n", col3)
g2=genotype(row "m", col4)

我知道“row 'n'”不是实际有效的代码；我只是不知道该怎么形容它。

最后，我计划在可以设置 g1 和 g2 后运行 LD 计算

Answer 1

正如詹姆斯在他的评论中所说，您可能想要mapply。我没有你的数据，但这应该可以：

mapply(
     function(a, b) LD(genotype(a), genotype(b)),
     a = df$col3,
     b = df$col4
)

我把它做成了社区维基，因为答案是基于而不是我的评论。