3

我无法使用 RNetCDF 从 NetCDF 数据文件中提取数据。每个数据文件都有 3 个维度（经度、纬度和日期）和 3 个变量（纬度、经度和气候变量）。有四个数据集，每个数据集都有不同的气候变量。

为了清楚起见，这里是 print.nc(p8m.tmax) 的一些输出。除了特定的气候变量外，其他数据集是相同的。

dimensions:
  month = UNLIMITED ; // (1368 currently)
  lat = 3105 ;
  lon = 7025 ;
variables:
  float lat(lat) ;
          lat:long_name = "latitude" ;
          lat:standard_name = "latitude" ;
          lat:units = "degrees_north" ;
  float lon(lon) ;
          lon:long_name = "longitude" ;
          lon:standard_name = "longitude" ;
          lon:units = "degrees_east" ;
  short tmax(lon, lat, month) ;
          tmax:missing_value = -9999 ;
          tmax:_FillValue = -9999 ;
          tmax:units = "degree_celsius" ;
          tmax:scale_factor = 0.01 ;
          tmax:valid_min = -5000 ;
          tmax:valid_max = 6000 ;

当我使用 RNetCDF 包中的 var.get.nc 函数时，我遇到了我不理解的行为。

例如，当我尝试从最高温度数据 (p8m.tmax <- open.nc(tmaxdataset.nc)) 中提取从 stval 开始的 82 个值时

 > var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

（其中 lon_val 和 lat_val 指定数据集中我感兴趣的坐标的位置，stval 是 stval 设置为 which(time_vec==200201)，在本例中等于 1285。）我得到错误：无效参数

但是在成功提取80和81值之后

> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,80))
> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,81))

82的命令有效：

> var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

[1]  444  866 1063 ... [output snipped]

同样的问题出现在结构相同的 tmin 文件中，但在 36 而不是 82：

> var.get.nc(p8m.tmin,'tmin', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,36))

产生错误：无效的参数

但是在重复计数 30、31 等之后

> var.get.nc(p8m.tmin,'tmin', start=c(lon_val, lat_val, stval), count=c(1,1,36))

作品。

这些示例使函数看起来在最后一次计数时失败了，但实际上并非如此。在第一个示例中，var.get.nc 在我要求输入 84 个值后给出了错误：无效参数。然后，我通过改变数据集中的起点并一次只要求 1 个值，将失败次数缩小到第 82 次。出现问题的具体数字也各不相同。我可以关闭并重新打开数据集，让问题出现在不同的位置。

在上面的特定示例中，lon_val 和 lat_val 分别是 1595 和 1751，用于识别数据集中沿 lat 和 lon 维度的位置，用于我感兴趣的纬度和经度。第 1595 个纬度和第 1751 个经度不是问题，然而。我尝试过的所有其他纬度和经度都会出现问题。

沿气候变量维度 (stval) 改变数据集中的起始位置和/或将其指定为不同的（作为命令中的数字而不是对象 stval）也不能解决问题。

这个问题并不总是发生。我可以连续运行 3 次相同的代码（清除运行之间的所有对象）并且每次都得到不同的结果。第一次运行可能会在我试图获得的第 7 个条目时窒息，第二次可能会正常工作，第三次运行可能会在第 83 个条目时窒息。我对这种不一致的行为感到非常困惑。

open.nc 函数也开始失败，出现相同的错误：无效参数。与 var.get.nc 问题一样，它也不一致地发生。

有谁知道是什么导致最初无法提取变量？以及如何防止它？可能与数据文件的大小（每个约 60GB）和/或我通过网络驱动器访问它们的事实有关？

这也被问到这里： https ://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-June/281233.html

> sessionInfo()
R version 2.13.0 (2011-04-13)
Platform: i386-pc-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] reshape_0.8.4   plyr_1.5.2      RNetCDF_1.5.2-2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.13.0
4

1 回答 1

0

为了解决这个问题，我从 RNetCDF 包（版本 1.5.2-2）切换到 ncdf 包（1.6.5）。两个包中的函数名称相似，用途相同[open.nc vs. open.ncdf, var.get.nc vs. get.var.ncdf]。使用完全相同的代码并将 RNetCDF 函数名称替换为 ncdf 函数，我没有得到任何错误和预期的结果。

因此，虽然以下 RNetCDF 命令失败（仅有时且无明显原因）

>p8m.tmax <- open.nc('tmax.nc')
>var.get.nc(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

这些 ncdf 命令永远不会失败

>p8m.tmax <- open.ncdf('tmax.nc')
>get.var.ncdf(p8m.tmax,'tmax', start=c(lon_val, lat_val, stval),count=c(1,1,82))

这不是一个真正的解决方案——我仍然不知道为什么 RNetCDF 包中的函数有时有效，有时无效。但是，它确实允许我提取我需要的数据，并且希望对在 R 中使用 netcdf 数据的其他人有所帮助。

于 2011-06-22T23:57:36.957 回答