我有一个带有基因表达数据的 affyBatch 对象。使用没有选项的 dat <- ReadAffy() 读取数据。然后我提取我有兴趣使用的 5600 个基因,dat <- RemoveProbes(listOutProbeSets, cdfpackagename, probepackagename)
然后我使用 dat.rma <- rma(dat) 规范化表达式数据
现在我想将原始数据和 rma 标准化数据导出到 .csv 文件。检查数据我发现 exprs(dat) 的尺寸为 226576 x 30,dat.rma 的尺寸为 5600 x 30。如何提取 RAW 表达式值的 5600 x 30 矩阵?我不知道原始数据中的 226576 行是从哪里来的!
我是生物导体数据结构的初学者!很抱歉没有提供可运行的示例代码——不知道在这种情况下我会怎么做。