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我有这个大文件名 Objects_Population - AllCells.txt 大约 3GB，该文件有 25704373 行和 132 个变量。我想读取文件并根据一个变量拆分行，该变量是名为treatmentsum 的列。在本专栏中，我有不同条件（3S 或 UNS）下的实验性药物治疗，即用“_”链接的字符串。因此拆分会将所有具有相同处理的行放在一起。拆分文件后，我想写出拆分文件并使用处理和给出文件名。

我的代码如下：

#load libraries
library(tidyverse)
library(vroom)
library(dplyr)
library(stringr)

#read in the file, skip the first 9 rows
files<-vroom("Objects_Population - AllCells.txt", delim = "\t",skip = 9,col_names = T)

#split the files based on treatmentsum
splited<- files %>% 
  group_split(files$treatmentsum)

#write out the splitted files
output<- lapply(splited, function(i){
  for (i in 1:length(splited)) {
    write.table(splited[[i]][,1:131],file=paste(unique(splited[[i]]$treatmentsum),".txt"), sep="\t", row.names=FALSE)

  }
 })

因此，当我运行它时，文件读取正确，并且拆分工作正常并且处理按预期吐出，即我得到一个 1092 列表（显示在环境中），每个列表都包含具有相同处理的行。然而，代码每次写给我 233 个文件后都会死掉。我已经截图了错误，生成的所有文件都是3S，没有生成UNS文件（在右下角文件目录截图中可以看到）。有人可以帮我解决这个问题并让我知道错误的含义吗？在此处输入图像描述

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1 回答 1

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我想出了一些文件名，因为治疗的名称中会有“/”。受此启发https://stackoverflow.com/a/49647853/12362355

library(tidyverse)
library(vroom)
library(dplyr)
library(stringr)
files<-vroom("Objects_Population - AllCells.txt", delim = "\t",skip = 9,col_names = T)


splited<- files %>% 
  group_split(files$treatmentsum)



output<- lapply(splited, function(i){
  for (i in 1:length(splited)) {
    write.table(splited[[i]][,1:131],file=paste0(gsub("/","",unique(splited[[i]]$treatmentsum)),".txt"), sep="\t", 
row.names=FALSE)

  }
 })
于 2020-09-23T21:03:01.990 回答