我正在研究一些似乎需要大量计算能力的复杂模型。我目前正在使用 R 包“glmmTMB”来解释时空自相关和随机效应。理论上,glmmTMB 应该能够使用并行化运行得更快:https ://cran.r-project.org/web/packages/glmmTMB/vignettes/parallel.html
如果您的操作系统支持 OpenMP 并行化并且 R 是使用 OpenMP 安装的,则 glmmTMB 将自动从 R 的 Makevars 中获取 OpenMP 标志并编译具有 OpenMP 支持的 C++ 模型。如果该标志不可用,则模型将仅使用串行优化进行编译。
我决定在 HPC 环境中设置虚拟机,而不是在我的个人机器上运行这些模型。如何在 Ubuntu 20.04 上使用 OpenMP 安装 R?我找不到有关此主题的任何内容。