r - R for lm 中的 autoplot()：为什么我得到“恒定杠杆：残差与因子水平”而不是“残差与杠杆”图？

Question

我正在用一个连续变量（DENSITY）和一个因子（SEASON）在 R 中做一个 ANCOVA。当我检查模型假设时，我得到一个名为：“恒定杠杆：残差与因子水平”的图，而不是“残差与杠杆”图。

limp.mod <- lm(EGGS~DENSITY*SEASON, data=limp)
autoplot(limp.mod,smooth.colour = NA, which=5)

图片：我得到了什么

图片：我想要什么

如何获得“残差 vs 杠杆”图？为什么我教科书中完全相同的代码会给出另一个 autoplot() 输出？

在此先感谢您的帮助！

Answer 1

如果没有可重现的示例，我将首先根据内置数据集创建一个模型iris。

df1 <- iris[1:100, 3:5]
df1$Species <- droplevels(df1$Species)
str(df1)
#'data.frame':   100 obs. of  3 variables:
# $ Petal.Length: num  1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ...
# $ Petal.Width : num  0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ...
# $ Species     : Factor w/ 2 levels "setosa","versicolor": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...

fit <- lm(Petal.Length ~ Petal.Width*Species, df1)

至于情节，autoplot是一个通用的功能。包ggfortify包括类对象的方法"lm"等。

来自help("autoplot.lm")：

如果需要图的子集，请指定数字 1:6 的子集。

默认值为which = c(1, 2, 3, 5). 尝试参数的所有 6 个值，我们看到想要的图不是其中之一。所以需要建立一个自定义图表。

残差和杠杆值可以分别从stats::resid和 从获得stats::hatvalues。

library(ggplot2)

dflev <- data.frame(Leverage = hatvalues(fit), y = resid(fit))

ggplot(dflev, aes(Leverage, y)) +
  geom_point() +
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = "dashed") +
  ggtitle("Residuals vs Leverage") +
  lims(y = c(-1, 1)) +
  ylab("") +
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face = "bold"))