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下午好,

我最近在 R 中为马达加斯加特有的爬行动物开发了一个 Maxent 物种分布模型,使用本地范围仅存在数据。该模型表现良好(由 AUC 判断)。

我现在将这个模型投影到佛罗里达州,在那里它没有找到合适的栖息地。然而,我的焦点分类群在佛罗里达已经很成熟了。我没有在模型中使用佛罗里达存在数据,因为我想检查模型是否会先验地预测殖民化事件;因此,我使用马达加斯加作为模型范围来训练/验证模型。

我想恢复佛罗里达州已知事件的量化概率值;目前,我总体上可以看到殖民地区域的预测概率很低,但我无法量化它们。我可以在模型输出(训练点)或使用“dismo”中的评估(验证点)中找到我已知的马达加斯加事件(因为它们已包含在模型中)的等效定量值。

有谁知道我可以用来为我的佛罗里达点查找这些值的方法/包/函数(目前仅存储为 .csv)。

如有需要,我可以分享模型的更多技术细节;它是 R 中相当标准的 Bioclim/Maxent/presence-only 数据,主要使用“dismo”。

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你可以用raster::extract(). 例如:

library(raster)

d <- read.csv("data.csv") #your csv here
r <- raster("maxent.tif") #your suitability raster here
vals <- extract(r, d) #these are the values of r at your locations

关于将模型转移到另一个地理区域时预测适用性低的问题,这可能是一个过度拟合问题。如果存在过度拟合,训练点的 AUC 会很高,因此您应该依靠另一个指标来评估它。例如,您可以运行交叉验证(将马达加斯加记录划分为训练和测试点)并量化训练和测试点之间 AUC 的差异。否则 ORmin 和 ORmtp 被广泛使用。您可以查看这篇论文以了解更多详细信息以及如何处理 maxent 模型中的过拟合:Radosavljevic & Anderson,2013

祝你好运!

/埃米利奥

于 2020-07-10T11:38:35.207 回答