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在终端中的一个 conda 环境中，我能够成功安装包“rjags”。但是，当我在该环境中运行 R 并运行 library(rjags) 时，我收到以下错误：

加载所需的包：尾错误：'rjags' 的包或命名空间加载失败：'rjags' 的 loadNamespace() 中的 .onLoad 失败，详细信息：调用：dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 错误：无法加载共享对象'/user-path/anaconda3/envs/r-env/lib/R/library/rjags/libs/rjags.so'：/user-path/anaconda3/envs/r-env/lib/R/ library/rjags/libs/rjags.so：未定义符号：_ZN4jags7Console10setRNGnameERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEEj 另外：警告消息：1：包 'rjags' 是在 R 版本 3.6.3 下构建的 2：包'coda' 是在 R 版本 3.6.3 下构建的

如果我安装并使用 R，在另一个环境或基本环境中执行 library(rjags)，一切正常。我想知道这个错误消息是什么意思以及如何解决它。

的输出conda list "^(libstdcxx-ng|r-base|r-coda|jags|r-rjags)$"是：

# packages in environment at /user-path/anaconda3/envs/r-env:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
jags                      4.3.0                h26a2512_0    conda-forge
libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0  
r-base                    3.6.1                h9bb98a2_1  
r-coda                    0.19_3            r36h6115d3f_2    conda-forge
r-rjags                   4_10              r36h0357c0b_1    conda-forge
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频道混合出错

我怀疑该错误是由于Conda Forge 和 Anaconda 软件包的混合造成的。这些组织使用不同的构建堆栈，因此他们构建的动态库最终可能具有不同的内部定义（有关详细信息，请参阅Conda Forge 存储库上的此问题）。例如，在这种情况下rjags.so，构建它是为了在它链接到的库中查找符号，但它无法在 Anaconda 构建中找到它。不幸的是，它链接到太多（检查ldd rjags.so），我无法追踪具体是哪个导致了问题。

但是，您仍然有一些选择可以开始rjags工作，而不是精确修复。在所有情况下，解决方案都是优先conda-forge通道。

选项 1：创建一个新的专用环境

如果您在这个特定环境中实际上不需要rjags，那么使用您需要的包创建一个新环境。但是，这样做时，请让conda-forge优先于defaults：

conda create -n rjags_env -c conda-forge r-rjags
conda activate rjags_env
conda config --env --add channels conda-forge

选项 2：使用 Conda Forge 重新创建环境

如果您的目标是添加rjags到现有 env，并且您无法确定需要更改的特定包，则可以使用更新的优先级重新创建 env。

首先，将环境导出到 YAML，例如

conda env export -n r-env --no-builds > rjags_env.yaml

接下来，编辑此文件，使通道部分显示为：

name: rjags_env
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:

最后创建一个新版本的环境

conda env create -f rjags_env.yaml -n rjags_env

补充说明

我还研究了将--update-deps标志与 一起使用conda install，但这会强制环境更新到 R v4.0.1 并中断r-coda安装。

于 2020-06-25T02:14:05.290 回答