安装任何新软件包时，我都会收到错误消息，提示找不到 Rtools。我按照 Rtools 的手动安装说明进行操作，但仍然收到相同的错误消息。
> install.packages("phyloseq")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding
似乎 R 没有找到 Rtools。有没有什么办法解决这一问题？
我注意到在开始新的 R 会话时，以前安装的软件包的第二个问题也消失了。这两个问题可以联系起来吗？
我在 4.0 中的 R 版本，我在 Windows 64bit 中工作
安装完成后，您需要再执行一个步骤才能编译 R 包：您需要将 Rtools make 实用程序（bash、make 等）的位置放在 PATH 上。最简单的方法是在 Documents 文件夹中创建一个文本文件 .Renviron，其中包含以下行：
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
现在重新启动 R，并验证是否可以找到 make，它应该显示 Rtools 安装的路径。
Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
未找到软件包的第二部分与升级 R 版本有关，例如从 3.5 升级到 3.6 或从 3.6 升级到 4.0。如果你去Documents\R\win-library那里会有一个版本文件夹，里面安装了库。这是一个将安装旧库的脚本。
lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
install.packages(pkgs = to_install)
https://community.rstudio.com/t/reinstalling-packages-on-new-version-of-r/7670/4