本质上，我有一个 perl 工作流，它通过系统命令运行一套 java 工具（对于那些熟悉 Broad Institute 软件的人来说，GATK4 中的 picard）。如果成功，这些 gatk4 命令返回代码 0。当我手动启动 perl 工作流程（RHE7.6）时，一切似乎都很好。
但是，成功时返回 0 的 Gatk4 进程会在相同的工作流作为 cron 作业的一部分运行时失败，如下所示：
0,15,30 * * * * /usr/bin/flock -n /tmp/QAQC.lock -c "/seq/QAQC/bin/launch_QAQC.pl 1>>launch_QAQC.log 2>>launch_QAQC.err"
我怀疑使用-c 选项运行flock 会导致这些作业（以及perl 管道）中止。
您可以提供的任何见解将不胜感激。
谢谢
编辑：找出解决方案，因为问题不在于羊群。Cron 没有看到与交互式 shell 相同的环境变量。