我正在使用 Limma 进行反分析,并且我有很多样本。我试图计算设计矩阵,然后计算 lmFit()。但是当我调用 lmFit 它返回
系数不可估计
参考设计矩阵中的最后一个系数。某些行有一些 NA 值,所以在计算设计矩阵之前我删除了它们。这是代码:
delete = rownames(x$samples)[!complete.cases(x$samples)]
x$samples = x$samples[!rownames(x$samples) %in% delete,]
x$counts = x$counts[,!colnames(x$counts) %in% delete]
design <- model.matrix(~0+group+gender+y+age, data=x$samples)
colnames(design) <- gsub("group", "", colnames(design))
v <- voom(x, design)
vfit <- lmFit(v, design)
其中 x 是 DGE 对象。y 是一个数值变量,包含几乎不同的值。所以当我创建设计矩阵时,它包含很多列,因为变量 y 有很多级别。所以也许我应该创建一个新的变量 y2 ,使用ifelse()
函数将 y 中的值划分为某些类别。