在搜索了这个网站几个小时并尝试了许多不起作用的不同方法之后，我决定发布我自己的问题。我目前有一个文本文件 (id.txt)，其中包含大约 100 行以下 IDS 的形式：
5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821
5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992
我有一个 7 GB 的 fasta 文件，其中包含表单中的条目
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1101:10654:16493 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAACCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGGGTTCGCCCACCACTAGGACAAACATAAACCTTTTGTATTGGCA
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1129826 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1110:14480:9405 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAAACTCTCGAGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTAACCCTTGTCGTTCGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGTGTTCGCCCACCACAAGTAAAAACATAAACCTTTTGTAA
id.text 中的所有 ID 都可以在 seq.fasta 中找到。预期的输出将在 id.text 文件的 fasta 文件中找到匹配的 ID 号并生成：
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1125821 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1101:10654:16493 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGAACCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACTTCTTGTTTCCTTGGTGGGTTCGCCCACCACTAGGACAAACATAAACCTTTTGTATTGGCA
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0
AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
目前，我可以在 bash 中使用 grep 一次从 fasta 文件中提取一个序列，只需从文件中复制和粘贴一个 ID。
前任：grep 5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 seq.fasta -A 1
结果：
>5377-P3-D5-MSITS2a_R1reads1_1126992 M00532:203:000000000-BKM3D:1:1104:27124:5463 1:N:0:213 orig_bc=AAAAAAAAAAAA new_bc=AAAAAAAAAAAA bc_diffs=0 AAGTCGTAACAAGGTCTCCGTAGGTGAACCTGCGGAGGGATCATTACACAAATATGAAGGCGGGCTGGACCCTCTCGGGGTTACAGCCTTGCTGAATTATTCACCCTTGTCTTTTGCGTACATCTTGTTTCCTTTGTTGTTTCTCCCACCCCTAGGACAAACATAAACCTTTAGTAATTTCAATCAGCGT
但是，我有多个文本文件，每个包含 50-300 个 ID，我想用它们从 FASTA 文件中提取序列，而单独提取序列似乎不必要地耗时。我想找到一种方法来从 fasta 文件中查找和输出位于单独文本文件中的多个 ID 的序列。我主要在 bash 中试验了 awk 和 grep 命令，主要基于此站点上的其他答案，几乎我尝试的每个命令都没有产生结果，也没有错误消息。
我试过的例子：
awk -F '>' 'NR==FNR{ids[$0]; next} NF>1{f=($2 in ids)}f' id.txt seq.fasta
awk 'NR==FNR{ids[$0];next} /^>/{f=($1 in ids)} f' id.txt seq.fasta
grep -Fwf id.txt seq.fasta
grep -Ff id.txt seq.fasta
我觉得我已经尝试了这两个命令的许多变体（基于其他堆栈溢出和 biostar 建议），并且在 bash 中，没有任何反应，没有结果或没有错误消息。我也是编码方面的相对初学者，所以我无法准确指出出了什么问题。我也对任何可以使用的 python 或其他代码持开放态度。任何帮助或建议将不胜感激。谢谢！