我有下表mytable.tsv
:
ABCI15.1 IM3
ABCK16.1 IMNCY
ABCK16.1 IM5
ABCI15.1 IM200/IM605
ABCM13.1 IM4
ABCN06.1 IM1182
ABCN20.1 IM21
ABCN06.1 IMNCY
ABCP20.1 IM4
ABCM13.1 IM630
我想制作一张这张表和转置表的 UpsetR 图。
所以我的第一个图(通过总结第一列从第二列中的组中形成相交)将是:
df = read.table(file="mytable.tsv", header=F)
df2 = acast(df, V1~V2, value.var="V2")
df3 = setDT(as.data.frame(df2), keep.rownames = TRUE)[]
upset(df3)
和我的转置一个:
df4 = t(df2)
df4 = setDT(as.data.frame(df4), keep.rownames = TRUE)[]
upset(df4)
但是,在这两种情况下,我都会遇到以下错误:
Error in start_col:end_col : argument of length 0
这是为什么?我该如何解决?