我想在 R 中叠加两个散点图，以便每组点都有自己的（不同的）y 轴（即，在图中的位置 2 和 4），但这些点似乎叠加在同一个图上。
有可能做到这一点plot吗？
编辑显示问题的示例代码
# example code for SO question
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
x <- 1:10
# in this plot y2 is plotted on what is clearly an inappropriate scale
plot(y1 ~ x, ylim = c(-1, 150))
points(y2 ~ x, pch = 2)
更新：在http://rwiki.sciviews.org/doku.php?id=tips:graphics-base:2yaxes上的 R wiki 上复制的材料，链接现在已损坏：也可从Wayback 机器获得
(一些材料最初由 Daniel Rajdl 2006/03/31 15:26)
请注意，很少有情况适合在同一个地块上使用两种不同的尺度。很容易误导图形的查看者。检查以下两个示例和对此问题的评论（来自Junk Charts的example1和example2），以及Stephen Few 的这篇文章（其结论是“我当然不能一劳永逸地得出结论，具有双比例轴的图形永远不会有用；只是我想不出有什么情况可以根据其他更好的解决方案来保证他们。”）另请参阅本漫画中的第 4 点...
如果你确定了，基本的方法是创建你的第一个图，设置par(new=TRUE)为防止 R 清除图形设备，创建第二个图（并axes=FALSE设置为空白 -也应该有效），然后使用添加一个新轴在右侧，并在右侧添加轴标签。这是一个使用少量虚构数据的示例：xlabylabann=FALSEaxis(side=4)mtext(...,side=4)
set.seed(101)
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
## second data set on a very different scale
z <- runif(10, min=1000, max=10000)
par(mar = c(5, 4, 4, 4) + 0.3) # Leave space for z axis
plot(x, y) # first plot
par(new = TRUE)
plot(x, z, type = "l", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "")
axis(side=4, at = pretty(range(z)))
mtext("z", side=4, line=3)
twoord.plot()在plotrix包中自动执行此过程，就像doubleYScale()在latticeExtra包中一样。
另一个例子（改编自 Robert W. Baer 的 R 邮件列表帖子）：
## set up some fake test data
time <- seq(0,72,12)
betagal.abs <- c(0.05,0.18,0.25,0.31,0.32,0.34,0.35)
cell.density <- c(0,1000,2000,3000,4000,5000,6000)
## add extra space to right margin of plot within frame
par(mar=c(5, 4, 4, 6) + 0.1)
## Plot first set of data and draw its axis
plot(time, betagal.abs, pch=16, axes=FALSE, ylim=c(0,1), xlab="", ylab="",
type="b",col="black", main="Mike's test data")
axis(2, ylim=c(0,1),col="black",las=1) ## las=1 makes horizontal labels
mtext("Beta Gal Absorbance",side=2,line=2.5)
box()
## Allow a second plot on the same graph
par(new=TRUE)
## Plot the second plot and put axis scale on right
plot(time, cell.density, pch=15, xlab="", ylab="", ylim=c(0,7000),
axes=FALSE, type="b", col="red")
## a little farther out (line=4) to make room for labels
mtext("Cell Density",side=4,col="red",line=4)
axis(4, ylim=c(0,7000), col="red",col.axis="red",las=1)
## Draw the time axis
axis(1,pretty(range(time),10))
mtext("Time (Hours)",side=1,col="black",line=2.5)
## Add Legend
legend("topleft",legend=c("Beta Gal","Cell Density"),
text.col=c("black","red"),pch=c(16,15),col=c("black","red"))
类似的配方可用于叠加不同类型的图——条形图、直方图等。
一种选择是并排制作两个地块。ggplot2为此提供了一个不错的选择facet_wrap()：
dat <- data.frame(x = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 2))
, y = c(rnorm(100), rlnorm(100, 9, 2))
, index = rep(1:2, each = 100)
)
require(ggplot2)
ggplot(dat, aes(x,y)) +
geom_point() +
facet_wrap(~ index, scales = "free_y")
如果您可以放弃刻度/轴标签，则可以将数据重新缩放到 (0, 1) 间隔。例如，这适用于染色体上不同的“摆动”轨迹，当您通常对轨迹之间的局部相关性感兴趣并且它们具有不同的尺度（以千计，Fst 0-1）时。
# rescale numeric vector into (0, 1) interval
# clip everything outside the range
rescale <- function(vec, lims=range(vec), clip=c(0, 1)) {
# find the coeficients of transforming linear equation
# that maps the lims range to (0, 1)
slope <- (1 - 0) / (lims[2] - lims[1])
intercept <- - slope * lims[1]
xformed <- slope * vec + intercept
# do the clipping
xformed[xformed < 0] <- clip[1]
xformed[xformed > 1] <- clip[2]
xformed
}
然后，拥有一个包含 、 和 列的数据框chrom，您position可以执行以下操作：coveragefst
ggplot(d, aes(position)) +
geom_line(aes(y = rescale(fst))) +
geom_line(aes(y = rescale(coverage))) +
facet_wrap(~chrom)
这样做的好处是你不限于两个 trakcs。
我也建议，twoord.stackplot()在plotrix包含两个纵坐标轴的包图中。
data<-read.table(text=
"e0AL fxAL e0CO fxCO e0BR fxBR anos
51.8 5.9 50.6 6.8 51.0 6.2 1955
54.7 5.9 55.2 6.8 53.5 6.2 1960
57.1 6.0 57.9 6.8 55.9 6.2 1965
59.1 5.6 60.1 6.2 57.9 5.4 1970
61.2 5.1 61.8 5.0 59.8 4.7 1975
63.4 4.5 64.0 4.3 61.8 4.3 1980
65.4 3.9 66.9 3.7 63.5 3.8 1985
67.3 3.4 68.0 3.2 65.5 3.1 1990
69.1 3.0 68.7 3.0 67.5 2.6 1995
70.9 2.8 70.3 2.8 69.5 2.5 2000
72.4 2.5 71.7 2.6 71.1 2.3 2005
73.3 2.3 72.9 2.5 72.1 1.9 2010
74.3 2.2 73.8 2.4 73.2 1.8 2015
75.2 2.0 74.6 2.3 74.2 1.7 2020
76.0 2.0 75.4 2.2 75.2 1.6 2025
76.8 1.9 76.2 2.1 76.1 1.6 2030
77.6 1.9 76.9 2.1 77.1 1.6 2035
78.4 1.9 77.6 2.0 77.9 1.7 2040
79.1 1.8 78.3 1.9 78.7 1.7 2045
79.8 1.8 79.0 1.9 79.5 1.7 2050
80.5 1.8 79.7 1.9 80.3 1.7 2055
81.1 1.8 80.3 1.8 80.9 1.8 2060
81.7 1.8 80.9 1.8 81.6 1.8 2065
82.3 1.8 81.4 1.8 82.2 1.8 2070
82.8 1.8 82.0 1.7 82.8 1.8 2075
83.3 1.8 82.5 1.7 83.4 1.9 2080
83.8 1.8 83.0 1.7 83.9 1.9 2085
84.3 1.9 83.5 1.8 84.4 1.9 2090
84.7 1.9 83.9 1.8 84.9 1.9 2095
85.1 1.9 84.3 1.8 85.4 1.9 2100", header=T)
require(plotrix)
twoord.stackplot(lx=data$anos, rx=data$anos,
ldata=cbind(data$e0AL, data$e0BR, data$e0CO),
rdata=cbind(data$fxAL, data$fxBR, data$fxCO),
lcol=c("black","red", "blue"),
rcol=c("black","red", "blue"),
ltype=c("l","o","b"),
rtype=c("l","o","b"),
lylab="Años de Vida", rylab="Hijos x Mujer",
xlab="Tiempo",
main="Mortalidad/Fecundidad:1950–2100",
border="grey80")
legend("bottomright", c(paste("Proy:",
c("A. Latina", "Brasil", "Colombia"))), cex=1,
col=c("black","red", "blue"), lwd=2, bty="n",
lty=c(1,1,2), pch=c(NA,1,1) )
与@BenBolker 接受的答案类似的另一种选择是在添加第二组点时重新定义现有绘图的坐标。
这是一个最小的例子。
数据：
x <- 1:10
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
阴谋：
par(mar=c(5,5,5,5)+0.1, las=1)
plot.new()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y1))
points(x, y1, col="red", pch=19)
axis(1)
axis(2, col.axis="red")
box()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y2))
points(x, y2, col="limegreen", pch=19)
axis(4, col.axis="limegreen")
title("my plot", adj=0)
mtext("2nd y axis", side = 4, las=3, line=3, col="limegreen")
mtext("1st y axis", side = 2, las=3, line=3, col="red")
