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我有一个 Python 脚本，它最后通过subprocess.Popen(). 当我启动终端时，我总是移动到 quickFit 目录，source setup.sh因此我可以从任何地方运行该可执行文件。然后我尝试在 HTCondor 作业中运行此脚本，但它出错了。我的外壳是 zsh。这是一个例子：

测试.py：

#!/usr/bin/env python

import subprocess
out = subprocess.check_output("quickFit -h", shell = True)
print(out)

测试子：

executable              = ~/private/scripts/TEST.py
universe                = vanilla
log                     = ~/private/scripts/TEST/log.txt
error                   = ~/private/scripts/TEST/err.txt

should_transfer_files   = IF_NEEDED
when_to_transfer_output = ON_EXIT

queue 1

运行test.py会产生预期的行为：quickFit 命令运行并显示选项列表和可能的参数（-h 用于帮助）。quickfit -h这与我从终端运行时的行为完全相同。
但是，运行condor_submit test.sub会导致作业提前结束，并且 err.txt 文件会通知我非零退出状态 127：/bin/sh: quickFit: command not found

我已经尝试chmod -R 777 *了 quickFit 目录中的所有内容，因为我认为它与权限有关，但没有奏效。
我也尝试过（在 python 中）将目录更改为 quickFit 目录并重新采购 setup.sh，但这带来了更多问题。
最后我尝试添加getenv = True到.sub导致以下错误的文件：quickFit: error while loading shared libraries: libquickFit.so: cannot open shared object file: No such file or directory

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来自Popen 文档：

在 shell=True的 POSIX 上，shell 默认为 /bin/sh

和

如果 shell=True，在 POSIX 上，可执行参数指定默认 /bin/sh 的替换 shell

因此，由于您的quickFit命令适用于zsh，请将 test.py 更改为：

#!/usr/bin/env python

import subprocess
out = subprocess.check_output("quickFit -h", shell = True, executable = '/path/to/zsh')
print(out)

并更改/path/to/zsh为任何结果which zsh，例如：

which zsh
# /usr/local/bin/zsh on my mac with Mojave
# /usr/bin/zsh on my Kubuntu VM

将调用zsh而不是sh在运行命令时调用。如果您遵循与通常相同的程序（移动到 quickFit 目录并获取 setup.sh），这将起作用。

于 2020-04-17T07:48:02.440 回答
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管理员可以通过两种方式配置 HTCondor 池——在提交机器和工作节点之间使用共享文件系统，或者不使用。听起来两个节点之间没有共享文件系统，因此您需要明确告诉 condor 使用 transfer_input_files 传输 quickFit 及其依赖的任何文件。

否则，如果存在共享文件系统，或者如果工作节点上预安装了 quickFit，请尝试使用 quickFit 的完整绝对路径调用 popen。

于 2020-04-14T02:31:29.623 回答