我的目标是使用 bcftools 来检查我的数据集(vcf 文件)中的参考等位基因是否与使用 fixref 插件的参考基因组(fasta 文件)匹配。
在命令行上工作,我首先设置了以下环境:
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
对于不匹配的测试数据集,建议使用以下代码:
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
当我使用自己的文件运行此代码时(请注意,我的数据是 .vcf,而不是 .bcf),我收到以下错误:
[main] Unrecognized command
如果我只是输入:
bcftools
我得到了我可以使用的仅有的 5 个命令(view、index、cat、ld、ldpair)的列表。所以虽然我已经设置了环境,但它是否需要以某种方式激活?我需要通过 bash 脚本运行我的命令吗?