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我的目标是使用 bcftools 来检查我的数据集(vcf 文件)中的参考等位基因是否与使用 fixref 插件的参考基因组(fasta 文件)匹配。

在命令行上工作,我首先设置了以下环境:

export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

对于不匹配的测试数据集,建议使用以下代码:

bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top

当我使用自己的文件运行此代码时(请注意,我的数据是 .vcf,而不是 .bcf),我收到以下错误:

[main] Unrecognized command

如果我只是输入:

bcftools

我得到了我可以使用的仅有的 5 个命令(view、index、cat、ld、ldpair)的列表。所以虽然我已经设置了环境,但它是否需要以某种方式激活?我需要通过 bash 脚本运行我的命令吗?

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1 回答 1

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bcftools

指向 ../bin/ 中已弃用的 bcftools (0.1.19) 版本,而

BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins

指向 /bin/ 之外的 bcftools 版本 1.10.2 的插件

替换 ../bin/bcftools(0.1.19 和 1.10.2)是解决方法。

于 2020-05-06T22:46:03.887 回答