python - 将稀疏矩阵转储到文件中

Question

我有一个scipy.sparse.csr矩阵，想将它转储到 CSV 文件中。有没有办法保持矩阵的稀疏性并将其写入 CSV？

Answer 1

SciPy 包括通过scipy.io 模块读取/写入 MatrixMarket 格式的稀疏矩阵的函数，包括 mmwrite：http ://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.io.mmwrite.html

MatrixMarket 不是 CSV，而是关闭的。它由一个包含#rows、#cols、# of nonzeros 的单行标题组成，然后是每个非零的一行。这些行中的每一行都是行索引、列索引、值。您可以编写一个将空格转换为逗号的简单脚本，并且您将拥有一个 CSV。

Answer 2

现在使用 Scipy 0.19，这非常容易：

import scipy.sparse as sp
m = sp.csr_matrix([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]])

sp.save_npz("file_name.npz", m)

将文件加载到内存

new_m = sp.load_npz("file_name.npz")