我一直在寻找实现这一目标的方法,但找不到。
我有多个 python 脚本,其中一些是预处理实用工具,一些执行数据分析,一些创建可视化。它们都是相关的,但可能依赖也可能不依赖,并且可能具有单独的输入参数。我正在尝试在一个包中创建一套工具,并希望用户根据需要选择和运行工具/模块。
例如:这是一个名为 GATK 的基于 java 的软件。“gatk”是一个包含多个工具的 .jar,其中一个是“AnnotateIntervals”,它有一组输入要求。用户这样运行
gatk AnnotateIntervals \
-R reference.fa \
-L intervals.interval_list \
--interval-merging-rule OVERLAPPING_ONLY \
-O annotated_intervals.tsv
https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360040098252-AnnotateIntervals
我想在python中开发完全一样的东西,
main_app.py first_module -l <> -m <>
这甚至可能吗?如果是这样,我怎么能做到这一点?