imagej - ImageJ TIFF 导入图像尺寸？

Question

我有一堆使用幻灯片扫描仪 (Hamamatsu) 自动扫描的幻灯片，我可以从 NDPview 软件中以不同的放大倍率导出这些幻灯片。到目前为止，我一直在放大我感兴趣的区域的最佳分辨率，并使用 NDP 视图软件中的原生比例尺选项添加一个 1 毫米（如 1000 微米）的比例尺。然后我将“视图”从 NDPview 导出到 TIFF。然后将此 TIFF 导入 ImageJ（斐济），我使用绘制的比例尺设置比例。这一直运作良好，但是要处理超过 500 张图像有点痛苦。

由于 TIFF 以 inchxinch 尺寸导入 ImageJ，我想我可以转到 Image -> Properties 并将长度单位更改为 um。为了测试这一点，我选择了一个要测量的区域。然后我将它与我的旧方法进行了比较......并且值完全不同。知道为什么吗？1是旧方法，2是新方法。

我确定在每次测试之间的比例尺窗口中“删除比例”。整个图像尺寸也不同：

Answer 1

如果图像的放大率和分辨率都相同，那么只要您知道测量距离（以像素为单位）和物理距离（以微米或毫米为单位），您就可以使用分析 > 设置比例...

要在宏中执行此操作，您可以使用

run("Set Scale...", "distance=255 known=1 pixel=1 unit=micron");

其中 255 是已知单位（1 微米）的像素距离。如果您将该行包装在对所有 TIFF 进行操作的循环中并保存每个生成的图像，则这可以应用于文件夹中的所有 TIFF。