bioinformatics - 推荐用于阅读和操作 BAM 和 VCF 文件的语言？

Question

我通常是 C# / .net 开发人员，但一个新项目将使用下一代测序 BAM 和 VCF 文件。我需要阅读这些文件，进行一些更改，然后保存它们。据我所知，现有的.net 库用于处理这些文件的方式并不多。

该领域通常使用哪些编程语言，并且有支持这些文件的库？

Answer 1

带有 pysam 和 pyvcf 库的 Python。或者将 shell 与 samtools、sambamba、vcflib、vcftools、bcftools 和许多其他命令行实用程序一起使用。您可以使用 bioconda 安装其中的许多。