我需要用至少 5 个变量绘制面积比例维恩图。
我尝试安装 Vennerable 包,但它不再可用。链接到 Windows 构建不起作用(找不到页面)。
有替代包吗?
源文件最后一次更新是在 2007 年,可从 Sourceforge 下载为 tar.gz 文件:
更好的是,可以使用 SVN 从 R-Forge 签出看起来更新的(编辑:和损坏的)源文件,最后一次更新是在 2009 年:
svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable
你可以用 Rtools 自己构建它吗?Linux x86_64 构建日志表明小插图存在问题,导致构建失败,并且源 tar.gz 和二进制文件不可用。也许在没有小插图的情况下自己构建它会起作用。该软件包最后一次更新是在 19 个月前,因此目前似乎没有维护。
编辑
似乎 R-Forge 的最新版本打破了这个包。函数有问题,compute.Venn()
许多测试都失败了。我从 Sourceforge 为 x86_64 架构构建了 Venerable_1.1.1.1 修订版。您可以在以下位置下载它:
http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip
我还没有实际测试过这个包,但它成功安装并加载到 Windows 7 上的 R 2.13.0 x86_64 中。如果您还有其他问题,可以给包的作者 Jonathan Swinton 发送电子邮件,您可以在DESCRIPTION
zip存档中的文件。
请注意很少正确使用所有大写来引用该DESCRIPTION
文件,该文件之所以如此命名可能是出于历史原因(尽管如果有人有明确的解释,我会很感兴趣)。除非您特别打算提高 SO 社区的收缩压,否则所有上限的大多数其他用途通常都不受欢迎。
Follow this:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("graph")
biocLite("RBGL")
biocLite("RColorBrewer")
biocLite("gtools")
biocLite("reshape"
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
看一下CRAN(存放 R 包的地方)发现至少有两个有前途的包:VennDiagram 和 venneuler。
尊崇 3.0 可用。
它可以通过install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")从 R 中下载
彻底的检查导致这个生物信息学引擎的性能比目前可用的维恩图 R 包更高。它由来自根特大学的比利时作家Lieven Sterck (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be) 用 Perl 编写。
webtool不仅生成请求的图表作为输出(假设输入包含 5 组或更少,已经超过大多数可用于维恩图的 R 包的功能),而且还生成一个文本文件,列出每个交集组中包含的元素以供详细检查. 列表虽然不是几何图本身,但即使超过 5 组的比较也可以生成。此外,此网络工具还以表格方式输出每个数据集的元素总数,以确认唯一条目。
唯一缺少的功能:与 Vennerable R 包中的“Chow-Ruskey”等效的加权选项,但似乎存在一些问题(除了上面提到的易碎安装),在提供的最后一个组列表中添加了一个额外的元素重叠的数据框。Vennerable(和其他同类软件包)只生成一个带有组标签的图形,并对每个交叉点包含的元素进行编号,而不是列出它们。一般来说,维恩图和交叉数据虽然原则上很简单,但对于说明“多组学”生物数据的覆盖范围非常有用,只是为了提供一个例子。