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我在 Ubuntu 服务器上的 CentOS VM 上安装了 Anaconda。然后,我在这个 VM 上为我的所有 python 数据科学库创建了一个 conda 环境。我的笔记本电脑上有一个匹配的 conda 环境。

然后,我按照本指南允许我在笔记本电脑上远程使用 Jupyter 笔记本在服务器上执行数据分析:https ://amber-md.github.io/pytraj/latest/tutorials/remote_jupyter_notebook

我能够在我的笔记本电脑上成功加载我的 Jupyter 笔记本并在服务器上执行分析。我还可以将我完成的应用程序标记为.servable()笔记本,然后panel serve --show ...在 VM 终端上使用,通过 Web 浏览器将完成的交互式应用程序提供给 LAN 用户。

我的问题是,当我使用标记我的应用程序.show()以允许我查看我当前在笔记本中处理的应用程序/报告时,我收到以下消息输出:<bokeh.server.server.Server at 0x7faa92ef5590>但应用程序未按预期加载到新的浏览器选项卡中.

app.show()远程而不是本地使用 Jupyter 笔记本时如何工作?


更新 23/01/20 以响应 @SandervandenOord 的回答:您需要为 .show() 指定端口并确保用户可以访问远程服务器上的该端口

为了说明这个问题(不是实际情况),假设我的服务器 VM 是地址192.168.0.1,我的笔记本电脑是192.168.0.2,我想使用的端口app.show()3333

1.设置端口:

在服务器上(192.168.0.1):

  • 检查端口 3333是否未被使用:
    sudo lsof -i:3333
  • 检查 iptables 是否未将端口显示为打开:
    sudo iptables-save | grep 3333
  • 将端口添加到/etc/services文件:
    sudo nano /etc/services
  • 我将以下行添加到文件顶部并保存:
# service-name  port/protocol  [aliases ...]   [# comment]
bokeh-server    3333/tcp                        # Open port to allow app.show() to work on a remotely executed Jupyter Notebook
  • 启用防火墙:
    sudo systemctl enable firewalld
  • 启动防火墙:
    sudo systemctl start firewalld
  • 检查防火墙的状态:
    sudo systemctl status firewalld
  • 确认此端口现在已打开: sudo iptables-save | grep 3333
    输出:
    -A IN_public_allow -p tcp -m tcp --dport 3333 -m conntrack --ctstate NEW -j ACCEPT

    1. 测试用户是否可以访问服务器上的端口:

我在服务器上安装了ncat192.168.0.1):
sudo yum install nmap-ncat -y

然后我在服务器和我的笔记本电脑之间设置消息传递:

  • 在服务器上:
    nc -l 3333
  • 在笔记本电脑上:
    nc 192.168.0.1 3333

以及笔记本电脑和服务器之间:

  • 在笔记本电脑上:
    nc -l 3333
  • 在服务器上:
    nc 192.168.0.2 3333

  • 消息成功地从服务器传输到笔记本电脑,反之亦然。

  • 确认这两个连接:
    sudo lsof -i:3333

输出:

COMMAND  PID      USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
nc      1776       XXX    5u  IPv4  23627      0t0  TCP vmserver:bokeh-server->192.168.0.2:55358 (ESTABLISHED)
nc      1846       XXX    3u  IPv4  22895      0t0  TCP vmserver:33658->192.168.0.2:bokeh-server (ESTABLISHED)

显示端口 3333 上的服务器可以与不同端口上的笔记本电脑通信,端口 3333 上的笔记本电脑可以与不同端口上的服务器通信。

我不确定如何让它们连接到同一个端口?即都在端口 3333 上?这是我问题的根源吗?

  1. 然后在我的jupyter笔记本中,我替换app.show()
app.show(port=3333, websocket_origin=None, threaded=False)

但是,我仍然遇到与以前相同的行为,即应用程序未按预期加载到新的浏览器选项卡中。

然后我尝试了参数websocket_origin(尝试了“192.168.0.1”、“192.168.0.2”和“*”)和threaded(真/假),但更改这些参数并没有给出我想要的应用程序在新浏览器选项卡中加载的结果。

几个有趣的点

1. 如果我运行我的笔记本,它执行

app.show(port=3333, websocket_origin=None, threaded=False)

然后在服务器上运行:
sudo lsof -i:3333
然后返回以下内容:

COMMAND   PID USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
ZMQbg/1 19328 xxx   45u  IPv4  83214      0t0  TCP *:bokeh-server (LISTEN)
ZMQbg/1 19328 xxx   54u  IPv6  83215      0t0  TCP *:bokeh-server (LISTEN)

似乎服务器正在等待端口 3333 上发生的事情?即?与我在服务器和我的笔记本电脑之间发送消息时(反之亦然)不同,实际上似乎并没有建立连接。

请注意,上面的 2 行仅在我运行笔记本后才会出现。

  1. 在我执行了我的笔记本后(并且新选项卡中的应用程序尚未打开),如果我尝试再次执行该笔记本,那么我会在我的 jupyter 笔记本中收到此警告: OSError: [Errno 98] Address already in use

所以看起来服务器和笔记本电脑之间的连接已经建立或至少保留了?为了解决这个问题,我必须关闭与服务器的连接,然后在我的笔记本电脑上运行命令: lsof -ti:8888 | xargs kill -1然后根据https://amber-md.github.io/pytraj/重新建立服务器和笔记本电脑之间的连接最新/教程/remote_jupyter_notebook

@SandervandenOord 你对我接下来可以尝试什么有任何指示吗?

提前谢谢了。


VM 上 conda 环境中的软件版本:

# Name                    Version                   Build  Channel
_anaconda_depends         2019.03                  py37_0  
_libgcc_mutex             0.1                        main  
alabaster                 0.7.12                   py37_0  
anaconda                  custom                   py37_1  
anaconda-client           1.7.2                    py37_0  
anaconda-project          0.8.4                      py_0  
arrow-cpp                 0.11.1          py37h0e61e49_1004    conda-forge
asn1crypto                1.3.0                    py37_0  
astroid                   2.3.3                    py37_0  
astropy                   4.0              py37h7b6447c_0  
atomicwrites              1.3.0                    py37_1  
attrs                     19.3.0                     py_0  
babel                     2.8.0                      py_0  
backcall                  0.1.0                    py37_0  
backports                 1.0                        py_2  
backports.os              0.1.1                    py37_0  
backports.shutil_get_terminal_size 1.0.0                    py37_2  
beautifulsoup4            4.8.2                    py37_0  
bitarray                  1.2.0            py37h7b6447c_0  
bkcharts                  0.2                      py37_0  
blas                      1.0                         mkl  
bleach                    3.1.0                    py37_0  
blosc                     1.16.3               hd408876_0  
bokeh                     1.4.0                    py37_0  
boost-cpp                 1.68.0            h11c811c_1000    conda-forge
boto                      2.49.0                   py37_0  
bottleneck                1.3.1            py37hdd07704_0  
bzip2                     1.0.8                h7b6447c_0  
ca-certificates           2019.11.28           hecc5488_0    conda-forge
cairo                     1.14.12              h8948797_3  
cartopy                   0.17.0           py37hbb7e04d_1  
certifi                   2019.11.28               py37_0  
cffi                      1.13.2           py37h2e261b9_0  
cftime                    1.0.4.2          py37hdd07704_0  
chardet                   3.0.4                 py37_1003  
click                     7.0                      py37_0  
click-plugins             1.1.1                      py_0  
cligj                     0.5.0                    py37_0  
cloudpickle               1.2.2                      py_0  
clyent                    1.2.2                    py37_1  
colorama                  0.4.3                      py_0  
colorcet                  2.0.2                      py_0    pyviz
contextlib2               0.6.0.post1                py_0  
cryptography              2.8              py37h1ba5d50_0  
curl                      7.67.0               hbc83047_0  
cycler                    0.10.0                   py37_0  
cython                    0.29.14          py37he6710b0_0  
cytoolz                   0.10.1           py37h7b6447c_0  
dask                      2.9.1                      py_0  
dask-core                 2.9.1                      py_0  
datashader                0.9.0                      py_0    pyviz
datashape                 0.5.4                    py37_1  
dbus                      1.13.12              h746ee38_0  
decorator                 4.4.1                      py_0  
defusedxml                0.6.0                      py_0  
distributed               2.9.1                      py_0  
docutils                  0.15.2                   py37_0  
entrypoints               0.3                      py37_0  
et_xmlfile                1.0.1                    py37_0  
expat                     2.2.6                he6710b0_0  
fastcache                 1.1.0            py37h7b6447c_0  
feather-format            0.4.0                   py_1003    conda-forge
filelock                  3.0.12                     py_0  
fiona                     1.8.4            py37hc38cc03_0  
flask                     1.1.1                      py_0  
fontconfig                2.13.0               h9420a91_0  
freetype                  2.9.1                h8a8886c_1  
freexl                    1.0.5                h14c3975_0  
fribidi                   1.0.5                h7b6447c_0  
fsspec                    0.6.2                      py_0  
gdal                      2.3.3            py37hbb2a789_0  
geopandas                 0.6.1                      py_0  
geos                      3.7.1                he6710b0_0  
geoviews                  1.6.6                      py_0    pyviz
geoviews-core             1.6.6                      py_0    pyviz
get_terminal_size         1.0.0                haa9412d_0  
gevent                    1.4.0            py37h7b6447c_0  
giflib                    5.1.4                h14c3975_1  
glib                      2.63.1               h5a9c865_0  
glob2                     0.7                        py_0  
gmp                       6.1.2                h6c8ec71_1  
gmpy2                     2.0.8            py37h10f8cd9_2  
graphite2                 1.3.13               h23475e2_0  
greenlet                  0.4.15           py37h7b6447c_0  
gst-plugins-base          1.14.0               hbbd80ab_1  
gstreamer                 1.14.0               hb453b48_1  
h5py                      2.9.0            py37h7918eee_0  
harfbuzz                  1.8.8                hffaf4a1_0  
hdf4                      4.2.13               h3ca952b_2  
hdf5                      1.10.4               hb1b8bf9_0  
heapdict                  1.0.1                      py_0  
holoviews                 1.12.7                     py_0    pyviz
html5lib                  1.0.1                    py37_0  
hvplot                    0.5.2                      py_0    pyviz
hypothesis                4.54.2                   py37_0  
icu                       58.2                 h9c2bf20_1  
idna                      2.8                      py37_0  
imageio                   2.6.1                    py37_0  
imagesize                 1.2.0                      py_0  
importlib_metadata        1.3.0                    py37_0  
intel-openmp              2019.4                      243  
ipykernel                 5.1.3            py37h39e3cac_1  
ipython                   7.11.1           py37h39e3cac_0  
ipython_genutils          0.2.0                    py37_0  
ipywidgets                7.5.1                      py_0  
isort                     4.3.21                   py37_0  
itsdangerous              1.1.0                    py37_0  
jbig                      2.1                  hdba287a_0  
jdcal                     1.4.1                      py_0  
jedi                      0.15.2                   py37_0  
jeepney                   0.4.2                      py_0  
jinja2                    2.10.3                     py_0  
joblib                    0.14.1                     py_0  
jpeg                      9b                   h024ee3a_2  
json-c                    0.13.1               h1bed415_0  
json5                     0.8.5                      py_0  
jsonschema                3.2.0                    py37_0  
jupyter                   1.0.0                    py37_7  
jupyter_client            5.3.4                    py37_0  
jupyter_console           6.0.0                    py37_0  
jupyter_core              4.6.1                    py37_0  
jupyterlab                1.2.4              pyhf63ae98_0  
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libstdcxx-ng              9.1.0                hdf63c60_0  
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libtool                   2.4.6                h7b6447c_5  
libuuid                   1.0.3                h1bed415_2  
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param                     1.9.2                      py_0    pyviz
parquet-cpp               1.5.1                         3    conda-forge
parso                     0.5.2                      py_0  
partd                     1.1.0                      py_0  
patchelf                  0.10                 he6710b0_0  
path                      13.1.0                   py37_0  
path.py                   12.4.0                        0  
pathlib2                  2.3.5                    py37_0  
patsy                     0.5.1                    py37_0  
pcre                      8.43                 he6710b0_0  
pep8                      1.7.1                    py37_0  
pexpect                   4.7.0                    py37_0  
pickleshare               0.7.5                    py37_0  
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pip                       19.3.1                   py37_0  
pixman                    0.38.0               h7b6447c_0  
pkginfo                   1.5.0.1                  py37_0  
plotly                    4.4.1                      py_0    plotly
plotly_express            0.4.1                      py_0    plotly
pluggy                    0.13.1                   py37_0  
ply                       3.11                     py37_0  
poppler                   0.65.0               h581218d_1  
poppler-data              0.4.9                         0  
proj4                     5.2.0                he6710b0_1  
prometheus_client         0.7.1                      py_0  
prompt_toolkit            2.0.9                    py37_0  
psutil                    5.6.7            py37h7b6447c_0  
ptyprocess                0.6.0                    py37_0  
py                        1.8.1                      py_0  
py-lief                   0.9.0            py37h7725739_2  
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pycodestyle               2.5.0                    py37_0  
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pyct-core                 0.4.6                      py_0    pyviz
pycurl                    7.43.0.3         py37h1ba5d50_0  
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qtawesome                 0.6.0                      py_0  
qtconsole                 4.6.0                      py_1  
qtpy                      1.9.0                      py_0  
readline                  7.0                  h7b6447c_5  
requests                  2.22.0                   py37_1  
retrying                  1.3.3                    py37_2  
rope                      0.14.0                     py_0  
rtree                     0.8.3                    py37_0  
ruamel_yaml               0.15.87          py37h7b6447c_0  
scikit-image              0.15.0           py37he6710b0_0  
scikit-learn              0.22.1           py37hd81dba3_0  
scipy                     1.3.2            py37h7c811a0_0  
seaborn                   0.9.0              pyh91ea838_1  
secretstorage             3.1.1                    py37_0  
send2trash                1.5.0                    py37_0  
setuptools                44.0.0                   py37_0  
shapely                   1.6.4            py37h86c5351_0  
simplegeneric             0.8.1                    py37_2  
singledispatch            3.4.0.3                  py37_0  
sip                       4.19.8           py37hf484d3e_0  
six                       1.13.0                   py37_0  
snappy                    1.1.7                hbae5bb6_3  
snowballstemmer           2.0.0                      py_0  
sortedcollections         1.1.2                    py37_0  
sortedcontainers          2.1.0                    py37_0  
soupsieve                 1.9.5                    py37_0  
sphinx                    2.3.1                      py_0  
sphinxcontrib             1.0                      py37_1  
sphinxcontrib-applehelp   1.0.1                      py_0  
sphinxcontrib-devhelp     1.0.1                      py_0  
sphinxcontrib-htmlhelp    1.0.2                      py_0  
sphinxcontrib-jsmath      1.0.1                      py_0  
sphinxcontrib-qthelp      1.0.2                      py_0  
sphinxcontrib-serializinghtml 1.1.3                      py_0  
sphinxcontrib-websupport  1.1.2                      py_0  
spyder                    3.3.6                    py37_0  
spyder-kernels            0.5.2                    py37_0  
sqlalchemy                1.3.12           py37h7b6447c_0  
sqlite                    3.30.1               h7b6447c_0  
statsmodels               0.10.1           py37hdd07704_0  
sympy                     1.5.1                    py37_0  
tbb                       2019.8               hfd86e86_0  
tblib                     1.6.0                      py_0  
terminado                 0.8.3                    py37_0  
testpath                  0.4.4                      py_0  
thrift-cpp                0.12.0            h0a07b25_1002    conda-forge
tk                        8.6.8                hbc83047_0  
toolz                     0.10.0                     py_0  
tornado                   6.0.3            py37h7b6447c_0  
tqdm                      4.41.1                     py_0  
traitlets                 4.3.3                    py37_0  
unicodecsv                0.14.1                   py37_0  
unixodbc                  2.3.7                h14c3975_0  
urllib3                   1.25.7                   py37_0  
wcwidth                   0.1.7                    py37_0  
webencodings              0.5.1                    py37_1  
werkzeug                  0.16.0                     py_0  
wheel                     0.33.6                   py37_0  
widgetsnbextension        3.5.1                    py37_0  
wrapt                     1.11.2           py37h7b6447c_0  
wurlitzer                 2.0.0                    py37_0  
xarray                    0.14.1                     py_1  
xerces-c                  3.2.2                h780794e_0  
xlrd                      1.2.0                    py37_0  
xlsxwriter                1.2.7                      py_0  
xlwt                      1.3.0                    py37_0  
xz                        5.2.4                h14c3975_4  
yaml                      0.1.7                had09818_2  
zeromq                    4.3.1                he6710b0_3  
zict                      1.0.0                      py_0  
zipp                      0.6.0                      py_0  
zlib                      1.2.11               h7b6447c_3  
zstd                      1.3.7                h0b5b093_0
4

1 回答 1

1

您需要为 .show() 指定端口并确保用户可以访问远程服务器上的该端口:

Signature: .show(port=0, websocket_origin=None, threaded=False)
Docstring:
Starts a bokeh server and displays the Viewable in a new tab

Arguments
---------
port: int (optional, default=0)
  Allows specifying a specific port
websocket_origin: str or list(str) (optional)
  A list of hosts that can connect to the websocket.

  This is typically required when embedding a server app in
  an external web site.

  If None, "localhost" is used.
threaded: boolean (optional, default=False)
  Whether to launch the Server on a separate thread, allowing
  interactive use.

Returns
-------
server: bokeh.server.Server or threading.Thread
  Returns the bokeh server instance or the thread the server
  was launched on (if threaded=True)
于 2020-01-21T13:00:26.077 回答