我有一门课可以帮助我处理用户。例如：
$user = new User("login","passw");
$name = $user->getName();
$surname = $user->getSurname();
$table = $user->showStats();
所有这些方法内部都有 SQL 查询。有些操作只需要一个 sql 查询，有些 - 不止一个。如果数据库结构发生变化 - 将很难更改所有查询（类很长）。所以我想让 SQL 查询远离这个类。但是如何做到这一点？
阅读此问题后，我了解了存储过程。这是否意味着，现在一个动作只需要一个 SQL 查询（调用存储过程）？但是如何组织分离 sql 和 php？我应该将 sql 查询保存在数组中吗？或者它应该是一个 sql-queries 类。如果是，如何组织这堂课（也许我应该学习什么模式）
这是一个惊人的大主题，但我有一些建议可以帮助您：
您应该研究对象关系映射，其中对象自动生成 SQL 查询。查看Object-Relational Mapping和Active Record文章以获得概述。这将使您的数据库代码最小化，并且在您的表结构更改时更容易。
但这里没有灵丹妙药。如果您的架构发生更改，您将不得不更改您的查询以匹配。有些人喜欢通过将他们的查询逻辑封装在数据库视图和存储过程中来处理这个问题。如果您保持一致，这也是一个好方法，但请记住，一旦您开始编写存储过程，它们将与您正在使用的特定数据库密切相关。使用它们并没有什么问题，但是它们会让你在以后切换数据库变得更加困难——通常不是问题，而是要记住的一个重要方面。
无论如何，无论您选择哪种方法，我都建议您将数据库逻辑存储在几个“模型”类中。看起来你已经在做类似的事情了。基本思想是每个模型都封装了数据库特定区域的逻辑。传统上，每个模型都会映射到数据库中的单个表——这就是 Ruby on Rails 活动记录类的工作方式。这是一个很好的策略，因为它将您的数据库逻辑分解为简单的小“块”。如果您将所有数据库查询逻辑保存在一个文件中，它可能会迅速失控并成为维护的噩梦——相信我，我一直都在！
为了更好地理解“大图”，我建议您花一些时间阅读 Web 模型-视图-控制器 (MVC) 架构。您还需要查看已建立的 PHP MVC 框架，例如CodeIgniter、Kohaha、CakePHP等。即使您不使用它们（尽管我建议您这样做），了解这些框架如何组织您的代码也会很有帮助。
我想说你应该考虑在你的代码中实现“存储库”设计模式。
对于如何实现这一点来说，一个很好的答案对于这个空间来说太长了，所以我将发布一些面向 PHP 的参考资料：
从您的“已经有 2K 行代码”声明来看，您要么在维护某些东西，要么正在开发某些东西。
Faust 和 Justin Ethier 都提出了很好的建议——“我应该如何将我的数据库访问与我的应用程序代码分开”是 Web 开发中最古老、回答最多的问题之一。
就个人而言，我喜欢 MVC——它几乎是 Web 开发的默认范式，它平衡了可维护性和生产力，并且在你做这件事时有很多框架可以支持你。
当然，您可能会认为从头开始重新编写您的应用程序太费力了——在这种情况下，存储库模式是一个很好的折中方案。
无论哪种方式，你都需要阅读重构——从你现在的位置到你想要的位置将会很棘手。我推荐福勒的书，作为入门。
你能解释一下为什么你的数据库模式可能会改变吗？这通常是前方麻烦的征兆......
如果您使用关注点分离将业务逻辑与数据访问逻辑分开，那么您将处于正确的位置，您将处于更好的位置。