r - 在同一会话中解决与 RSQLite 和 RMySQL 的冲突

Question

我不知道这是RSQLite/RMySQL冲突，但这是我迄今为止最好的猜测。

我用来RMySQL从 MySQL 数据库中获取数据，然后使用dbDisconnect(). 然后我使用这些数据在一个记录链接过程中使用包RLBigDataLinkage()中的函数。此函数使用 SQLite 数据库和包，因为有两个可能的匹配项将它们全部保存在内存中。据我从文档中可以看出，没有办法显式关闭 SQLite 连接。RecordLinkageRSQLite

然后我使用这些匹配从我的 MySQL 数据库中提取更大的数据集，再次使用RMySQL. 我可以连接到数据库，但是当我查询时，我收到以下错误：

Error in mysqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
  RS-DBI driver: (could not run statement: MySQL server has gone away)

即使是琐碎的查询也会发生这种情况。

> dbGetQuery(db, "SELECT * FROM ann_id_info LIMIT 5")
Error in mysqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
  RS-DBI driver: (could not run statement: MySQL server has gone away)

不过，我仍然可以从 MySQL 命令行查询。

有没有办法可以断开“未知”RSQLite连接？谢谢！