r - R Limma P 值与细胞因子数据的倍数变化

Question

我正在尝试与limmaBioconductor 合作计算 p 值和倍数变化值并找到差异表达的基因。

我的数据看起来像这样。

 1. CYTO     Value  
ABC1       2.3   
ABC2    2.3   
ABC3    2.5   
...  
    PQR1    3.1  
 PQR2    3.2  
 PQR3    3.1

我想使用该limma包首先计算design = model.matrix(~0+group)，然后fit <- lmFit(Data$VALUE , design)我可以使用该eBayes()函数并计算 p 值和折叠变化值。

注意：我们试图找出哪个基因 EG：ABC1，比另一个基因表达的差异更大。2：基因名称gene_name和访问信息的组合，例如：ABC1（1是第一次访问）