bioinformatics - 如何从 v. 0.11.6 开始为 fastQC 启用 kmer 图

Question

我从命令行在 Linux 机器上运行fastQC 。

在 v.0.11.5 之前，我还习惯将 kmer 图作为输出。

现在，从 v.0.11.6 开始，默认情况下禁用 Kmer 输出（请参阅发行说明），我无法找到再次启用它的方法。

我曾尝试使用 --kmers=7 选项运行该程序，但在 .zip 输出中和绘图中都没有 km​​er 估计。

它是完全弃用还是我错过了手册中的某些内容？

先感谢您。

Answer 1

检查https://github.com/s-andrews/FastQC/releases

FastQC v0.11.6 的发布说明

此更新修复了一些错误并更新了一些功能以适应某些测序平台的变化。

有一个重大变化是默认情况下我们现在禁用 kmer 模块。由于包含适配器图，Kmer 图中的信息价值通常不是很大，如果存在任何过度代表的序列或引物组成偏差，很容易混淆它。总的来说，因此我们认为最好不要经常包含这个模块。

如果您想重新打开此模块，只需编辑 FastQC 安装的 Configuration 文件夹中的 limits.txt 文件，然后更改顶部附近的行：

kmer 忽略 1

..至..

kmer 忽略 0

..并且模块将被重新启用。