1

所以，我们开始吧。我有一个包含多个节点的网络。每个节点可能属于不同的组（见下面我的想法）。

这是一个玩具示例，带有一个边列表：

"from","to"
"RB1","CDK2"
"CDK2","CDKN1B"
"RB1","CDK4"
"PDPK1","RPS6KB1"
"PDPK1","PKN2"
"CDKN1B","CDK4"
"PKN2","CDK4"

和一个只有一组的节点表（stat列）：

name,stat
RB1,mixed
CDK2,up
CDKN1B,up
CDK4,up
PDPK1,up
RPS6KB1,up
PKN2,down

然后是生成具有属性stat的网络的代码，该属性当前用于对节点进行颜色编码，根据用户选择的stat ：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edges_mod.csv")
nodes <- read.csv("nodes_mod.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= "stat")

这里的问题是：如果一个节点可能属于多个统计数据怎么办？我在这里看到两个主要选项：

我可以创建与上面相同的数据框，但具有多个统计列，并根据所选列对节点进行颜色编码。我正在考虑一个 [0-1] 列，其中属于该集合的节点标记为 1，并将在网络中着色（或 ON），而不属于该集合的节点将标记为0（并将关闭）。

name,statZero,statOne,statTwo
RB1,1,1,0
CDK2,1,1,0
CDKN1B,1,0,0
CDK4,1,1,0
PDPK1,1,1,1
RPS6KB1,0,0,0
PKN2,1,0,0

或者，我可以使用包含集合列表的stat列创建与上面相同的数据框，但我真的不知道它是如何工作的

关于如何对属于不同集合的节点进行颜色编码的想法？我该如何处理这个选项visOptions(selectedBy= "stat")？

编辑：

我知道 visOption 有几种可能性selectedBy。我试图弄清楚它如何适用于我的需求！

4

1 回答 1

2

请查看visOptions、 argumentselectedBy和 set multiple=TRUE。

所以我在你的节点上添加了另一个属性作为集群

设节点为：

name,stat,cluster
RB1,mixed,alpha
CDK2,up,alpha
CDKN1B,up,alpha
CDK4,up,beta
PDPK1,up,beta
RPS6KB1,up,beta
PKN2,down,alpha

和你定义的边缘，

然后：

library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)

edgelist  <- read.csv("edge.csv")
nodes <- read.csv("node.csv")

g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)

V(g)$color  <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))
V(g)$groups <- paste(V(g)$stat, V(g)$cluster, sep=",")

data <- toVisNetworkData(g)


visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
    visEdges(color="black") %>%
    visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
    visOptions(selectedBy= list(variable="groups",multiple=T))

这应该重现您想要实现的目标！

于 2019-10-17T12:06:13.553 回答