我们在 NetLogo 模型中存储了大量数据作为链接的属性。当我使用行为空间设计实验和指导数据收集时,我指定要提取的“链接的[属性]”。但是,在 CSV 文件中,我看不到链接的 ID,这对于理解数据至关重要。如何在我的结果中收集链接的 ID?据我了解,没有启用此命令的原语。
2 回答
每当您想使用 BehaviorSpace 从单个代理(包括链接)中提取信息时,一个很好的方法是使用csv
此答案中解释的扩展:
https://stackoverflow.com/a/52406247/487946
一般的想法是我们可以将 csv 嵌入到我们的 csv 中,然后read_csv
在 R(或 Python 或 Julia 或其他)中使用 -like 函数从我们的 BehaviorSpace 结果中提取“内部 csv”。
在链接的情况下,包含链接who
每一端的编号以唯一标识它会很有用。(这是极少数我会提倡who
在任何事情上使用数字的情况之一。)
让我们以这个愚蠢的示例模型为例:
extensions [ csv ]
links-own [ attribute ]
to setup
clear-all
create-turtles 3 [
create-links-with other turtles [
set attribute random-float 1
]
]
reset-ticks
end
to go
ask links [ set attribute attribute * 0.5 ]
tick
end
它只是创建了三个带有链接的海龟,将链接的 设置attribute
为一个随机数,并在模型滴答时重复将该数字减半。
为了生成我们将嵌入到 BehaviorSpace 结果中的 csv,我们编写了以下报告器:
to-report link-attributes-csv
report csv:to-string
fput ["who1" "who2" "attribute" ]
[ (list [ who ] of end1 [ who ] of end2 attribute) ] of links
end
如果你在运行后在命令中心试一试setup
,它会输出如下内容:
observer> setup
observer> print link-attributes-csv
who1,who2,attribute
0,1,0.9409784968740699
1,2,0.9079884204004846
0,2,0.9070292656950991
如您所见,我们有一个简洁的小 csv 表,其中每一行代表一个特定的链接,由who
它连接的海龟数量标识。
由于这个记者报告了一个字符串(并且这个字符串包含换行符是可以的),我们可以直接在 BehaviorSpace 实验中使用它:
运行这个实验(使用“表输出”)给出以下输出文件:
"BehaviorSpace results (NetLogo 6.1.1)"
"link-attributes-example.nlogo"
"experiment"
"10/16/2019 11:00:12:495 +0100"
"min-pxcor","max-pxcor","min-pycor","max-pycor"
"-16","16","-16","16"
"[run number]","[step]","link-attributes"
"1","0","who1,who2,attribute
1,2,0.15670083797389645
0,2,0.40055350697928993
0,1,0.34892645306446335"
"2","0","who1,who2,attribute
0,1,0.2831244347856665
1,2,0.27721328746715357
0,2,0.5221352362751627"
"2","1","who1,who2,attribute
0,1,0.14156221739283326
0,2,0.26106761813758134
1,2,0.13860664373357678"
"1","1","who1,who2,attribute
0,2,0.20027675348964497
1,2,0.07835041898694822
0,1,0.17446322653223167"
"1","2","who1,who2,attribute
1,2,0.03917520949347411
0,2,0.10013837674482248
0,1,0.08723161326611584"
"2","2","who1,who2,attribute
1,2,0.06930332186678839
0,1,0.07078110869641663
0,2,0.13053380906879067"
所有的换行符看起来有点奇怪,但你的数据分析工具应该能够处理这个问题。以下是如何使用 R 和 Tidyverse 处理这个问题:
library(tidyverse)
df <-
read_csv("experiment-table.csv", skip = 6) %>%
mutate(`link-attributes` = map(`link-attributes`, read_csv)) %>%
unnest()
和purrr::map
功能tidyr::unnest
是关键。我不会在这里解释它们,但值得查找它们并熟悉它们。
我们的最终结果如下所示:
# A tibble: 18 x 5
`[run number]` `[step]` who1 who2 attribute
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 1 0 1 2 0.157
2 1 0 0 2 0.401
3 1 0 0 1 0.349
4 2 0 0 1 0.283
5 2 0 1 2 0.277
6 2 0 0 2 0.522
7 2 1 0 1 0.142
8 2 1 0 2 0.261
9 2 1 1 2 0.139
10 1 1 0 2 0.200
11 1 1 1 2 0.0784
12 1 1 0 1 0.174
13 1 2 1 2 0.0392
14 1 2 0 2 0.100
15 1 2 0 1 0.0872
16 2 2 1 2 0.0693
17 2 2 0 1 0.0708
18 2 2 0 2 0.131
我希望这有帮助。
与补丁一样,链接由两个数字标识,这两个数字是两端的谁号码。您可以保存链接的字符串表示形式(例如,(链接 0 1))或将数字提取为列表(或单独)。例如,
to test
ca
crt 2
ask turtle 0 [create-link-with turtle 1]
print link 0 1
ask link 0 1 [let id sort [who] of both-ends print id] ; a list
ask link 0 1 [let id sort [who] of both-ends
print (word item 0 id "-" item 1 id)
] ; a string
end