feature-extraction - 如何按标签从 genbank 文件中提取特征？

Question

我正在尝试解析 genbank 文件以查找特定功能。如果我知道特征类型（例如repeat_region），我可以把它拉出来——例如，如果我正在寻找这个特征：

 repeat_region   5623..5756
                 /label=5' ITR
                 /note="5' ITR"

我知道我可以使用以下方法找到它：

for feature in reference.features:
if feature.type == "repeat_region":
    print(feature.location)

但我不相信它会永远是一个repeat_region。相反，我想按标签（5' ITR）查找它。我似乎可以找到一种从特征对象中解析它的方法。有什么建议么？

Answer 1

我建议尝试使用 ElementTree 库；它会将 genbank xml 文件解析为字典，然后您应该能够访问 /label 标记作为键。