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下面的代码来自这个文件。它在 Linux 上编译正确，但在 OS X 上编译失败。

我想对自定义间隔的向量进行排序：

stdsort(intervals.begin(), intervals.end(), compare_start_end)

我的比较函数如下：

cdef uint32_t compare_start_end(interval lhs, interval rhs):
  if (lhs.start < rhs.start):
    return <uint32_t> 1
  elif (rhs.start < lhs.start):
      return <uint32_t> 0
  elif (lhs.end < rhs.end):
      return <uint32_t> 1
  else:
    return <uint32_t> 0

我得到的错误如下：

In file included from epic2/src/read_bam.cpp:651:
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/algorithm:4117:5: error: no matching function for call to '__sort'
    __sort<_Comp_ref>(__first, __last, __comp);
    ^~~~~~~~~~~~~~~~~
epic2/src/read_bam.cpp:3305:12: note: in instantiation of function template specialization 'std::__1::sort<std::__1::__wrap_iter<__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval *>, unsigned int (__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)>'
      requested here
      std::sort<std::vector<__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval> ::iterator,uint32_t (__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)>(__pyx_v_intervals.begin(), __pyx_v_intervals.end(), __pyx_f_5epic2_3src_8read_bam_compare_start_end);
           ^
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/include/c++/v1/algorithm:3914:1: note: candidate function template not viable: no known conversion from 'unsigned int (*)(__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)' to 'unsigned int
      (&)(__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)' for 3rd argument; dereference the argument with *
__sort(_RandomAccessIterator __first, _RandomAccessIterator __last, _Compare __comp)
^
1 warning and 1 error generated.

问题似乎是其中一种类型。

我有

'unsigned int (*)(__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)'

但我的功能期望

unsigned int (&)(__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)

提示是尝试取消引用第三个参数，但这不起作用。

stdsort(intervals.begin(), intervals.end(), dereference(compare_start_end))

相反，它会出错

Compiling epic2/src/read_bam.pyx because it changed.
[1/1] Cythonizing epic2/src/read_bam.pyx

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...
        intervals = dereference(it).second
        five_ends = intvec()

        if drop_duplicates:

            stdsort(intervals.begin(), intervals.end(), dereference(compare_start_end))
                                                       ^

你有什么建议吗？附言。上面在 linux 上编译，但在 macOS 上不编译，所以代码很脆弱。

系统信息

macOS 莫哈韦，10.14.6 (18G87)

gcc --version
Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)
Target: x86_64-apple-darwin18.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin

最小的可重现示例

# minimal_example.pyx
from libc.stdint cimport uint32_t
from libcpp.algorithm cimport sort as stdsort
from libcpp.vector cimport vector

ctypedef struct interval:
    uint32_t start
    uint32_t end

ctypedef vector[uint32_t] intvec
ctypedef vector[interval] interval_vector


cdef uint32_t compare_start_end(interval lhs, interval rhs):
  if (lhs.start < rhs.start):
    return <uint32_t> 1
  elif (rhs.start < lhs.start):
      return <uint32_t> 0
  elif (lhs.end < rhs.end):
      return <uint32_t> 1
  else:
    return <uint32_t> 0


cdef test(interval_vector intervals):
    stdsort(intervals.begin(), intervals.end(), compare_start_end)

编译：

folder_with_Python_h="/mnt/work/endrebak/software/anaconda/include/python3.7m/"
cython --cplus minimal_example.pyx
gcc -I $folder_with_Python_h  -c minimal_example.cpp -o minimal_example.o -Ofast -Wall -std=c++11

在 macOS 上会弹出相同的错误消息，但不会在 linux 上弹出。

我尝试过的其他命令，给出相同的结果：

g++  -I /Users/endrebakkenstovner/anaconda3/include/python3.6m/ -stdlib=libc++  -c minimal_example.cpp -o minimal_example.o -Ofast -Wall
gcc  -I /Users/endrebakkenstovner/anaconda3/include/python3.6m/  -c minimal_example.cpp -o minimal_example.o -Ofast -Wall -lc++

尝试更改 Cython 代码

在 cdef 测试之前添加这些行

cdef extern from "<algorithm>" namespace "std":
    void stdsort(...)

结果（在 linux 和 macOS 上）

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...
cdef extern from "<algorithm>" namespace "std":
    void stdsort(...)


cdef test(interval_vector intervals):
    stdsort(intervals.begin(), intervals.end(), compare_start_end)
          ^
------------------------------------------------------------

minimal_example.pyx:30:11: ambiguous overloaded method

根据评论结果在 stdsort(...) 末尾添加“排序”（linux和macOS）：

Error compiling Cython file:
------------------------------------------------------------
...
  else:
    return <uint32_t> 0


cdef extern from "<algorithm>" namespace "std":
    void stdsort(...) "sort"
                     ^
------------------------------------------------------------
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1 回答 1

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基本问题是 Cython 坚持指定模板参数。而不是生成如下所示的 C 代码：

std::sort(__pyx_v_intervals.begin(), __pyx_v_intervals.end(), __pyx_f_5epic2_3src_8read_bam_compare_start_end);

它产生

std::sort<std::vector<__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval> ::iterator,uint32_t (__pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval, __pyx_t_5epic2_3src_8read_bam_interval)>(__pyx_v_intervals.begin(), __pyx_v_intervals.end(), __pyx_f_5epic2_3src_8read_bam_compare_start_end);

通常在 C++ 中，最好让 C++ 找出模板参数。在这种情况下，我认为 Cython 可能弄乱了函数指针参数。

解决方案是不要告诉 Cython 你有模板函数。这涉及自己重新包装函数，而不是使用 Cython 的 libcpp 包装器。一种选择是只指定所有类型 - 类型不必完全匹配，但必须足够接近 Cython 认为它可以传递正确的参数：

cdef extern from "<algorithn>" namespace "std":
    # code is untested because this isn't the solution I used...
    void sort(vector[interval].iterator, vector[interval].iterator,
              uint32_t (*)(interval, interval))

我更喜欢只使用.... 这旨在包装 C varargs 函数，例如printf您可以在其中传递任何内容，但在这里也可以很好地工作：

cdef extern from "<algorithm>" namespace "std":
    void sort(...)
    # to rename to stdsort do
    void stdsort "sort"(...)

最终结果是 Cython 不再试图告诉 C++ 模板参数应该是什么。

std::unique有点复杂，因为它有一个返回类型。因此 Cython 需要知道至少一个模板参数。幸运的是，我很确定只有最后一个参数会导致问题，因此您可以放心地告诉 Cython 第一个参数是模板：

cdef extern from "<algorithm>" namespace "std":
    Iter unique[Iter](Iter, Iter, ...)
于 2019-08-21T07:45:30.757 回答