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我想在 CentOS Docker 容器中自动加载模块。

通常，我会将命令放在.bashrc/.bash_profile中，但我似乎无法让它工作。

这是我当前 Dockerfile 的开始：

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git

RUN echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bash_profile \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bash_profile \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60

WORKDIR /app

...

这是有效的命令：

docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "source /usr/share/Modules/init/bash; module load mpi/mpich-x86_64; mpiexec"

但我只想docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "mpiexec"工作。

我已经尝试将许多回显命令组合添加到例如/root/.bashrcor /app/.bash_profile，但似乎无法使其正常工作。

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在docker run您描述的命令bash上，以非交互模式作为非登录 shell 启动。在这种情况下bash，不会评估其初始化配置文件，如~/.bash_profile或~/.bashrc。

为了适应bash这种情况下的初始化，BASH_ENV可以使用变量。在非交互模式下启动时，bash如果设置了此变量指向的文件，则获取该文件。

因此，我建议将您的 docker 图像的定义调整为：

  • 创建一个~/.bashenv文件来保存 environment-modules 初始化命令和 mpi modulefile 的加载
  • 然后在图像定义中声明BASH_ENV指向的变量，以便/root/.bashenv在对创建的容器运行命令时对其进行设置
FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60 \
    && echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bashenv \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bashenv \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bash_profile \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bashrc

ENV BASH_ENV=/root/.bashenv

WORKDIR /app
于 2019-08-22T05:50:04.443 回答