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我正在尝试使用 BCBio GFF 解析器解析 GFF 文件，但出现以下错误。有人可以帮我解决这个问题吗？

回溯（最近一次通话最后）：

 File "gff_parse.py", line 6, in <module>
    for rec in GFF.parse(in_handle):
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 709, in parse
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 299, in parse_in_parts
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 320, in parse_simple
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 603, in _gff_process
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 634, in _lines_to_out_info
  File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BCBio/GFF/GFFParser.py", line 183, in _gff_line_map
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'New Start'

这是我的代码：

from BCBio import GFF    
in_file = "infile.gff"    
in_handle = open(in_file)
for rec in GFF.parse(in_handle):
    print rec
in_handle.close()

谢谢图利卡

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你是如何生成 GFF 文件的？它似乎包含至少一个无效行。第四列应该包含一个特征起始坐标的整数；错误消息表明它包含值“新开始”。

GFF3规范页面有一些有效 GFF 的示例，在线验证器可以帮助调试此类格式问题。

于 2011-04-21T10:28:16.317 回答