pymatgen - 从 pymatgen 结构对象中提取坐标和原子类型

Question

提取原子坐标列表的语法是什么，[[x1, y1, z1], [x2, y2, z2], ...] 和原子种类列表，例如。[1,1,1,1,...] 来自 pymatgen 结构对象？

Answer 1

这是一个很老的问题，但如果您（或其他人）需要答案，请按如下方式进行：

from pymatgen.core.structure import Structure, Lattice

structure = Structure(lattice, atoms, coords)#some structure

coordinates = []
species = []

for s in structure:
        coordinates.append(s.coords) #cartesian coordinates
        #coordinates.append(s.frac_coords) #would give fractional coordinates instead
        species.append(s.specie.Z)
        #species.append(s.specie) #would give strings (e.g. "Fe") instead of atomic number

print(coordinates)
print(species)

Answer 2

从 pymatgen 导入结构对象

from pymatgen import Structure

从 .cif 文件中读取 cif 结构

structure_from_cif = Structure.from_file('mp-773116La20S29O.cif')

获取坐标

cartesian_coords = structure_from_cif.cart_coords

要获得物种，您可以执行以下操作

for i in structure_from_cif.species:
    print(i)