我正在尝试从 R 运行 Java 应用程序 (beagle2vcf)。
我尝试过，system()但没有执行任何运行，只有在 R 控制台中返回函数的帮助。但是当我将相同的命令复制到我的cmd控制台时，就会执行运行。
然后我尝试system2()只在控制台中创建输出，但我需要在我的文件系统上创建一个文件。
我正在使用该stdout参数，但这似乎不起作用。
">output"也许 Java 应用程序用来生成文件的事实起到了一定的作用？其他没有这种语法来输出结果的 Java 应用程序使用system().
使用命令示例system()：
"java -jar beagle2vcf.jar 1 OneChrom.markers beagleTrain.bgl NA Chrom1Train.vcf"
示例system2调用：
system2(command="java",args=c("-jar","beagle2vcf.jar", j,"OneChrom.markers","beagleTrain.bgl","NA"),stdout=outnameTrainVCF,invisible=TRUE)
我在 Windows 10 机器上运行 R3.5.0
输出应该是我的文件系统上的 vcf 文件。