我正在尝试编写一个脚本,该脚本使用 agrep 循环遍历一个文档中的文件并将它们与另一个文档进行匹配。我相信这可能会使用嵌套循环,但是我不完全确定。在模板文档中,我需要它获取一个字符串并将其与另一个文档中的其他字符串匹配,然后移动到下一个字符串并再次匹配
如果由于某种奇怪的原因无法看到图像,我也会在底部包含链接。另外,如果您需要我解释更多,请告诉我。这是我的第一篇文章,所以我不确定这将如何被理解或者我是否使用了正确的术语:)
Template agrep/highlighted- https://imgur.com/kJvySbW
Matching strings not highlighted- https://imgur.com/NHBlB2R
我已经查看了有关循环的各种网站
#!/bin/bash
#agrep script
echo ${BASH_VERSION}
TemplateSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage
Research/Thesis/FastA files for AGREP
test/Template/TA21_spacers.fasta"
MatchingSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage
Research/Thesis/FastA files for AGREP test/Matching/TA26_spacers.fasta"
for * in filename
do
agrep -3 * to file im comparing to
#potentially may need to use nested loop but not sure