r - 包 Limma - 对比矩阵微分表达式

Question

我正在使用 limma 来分析差异基因表达。对于建模，您需要一个设计和对比矩阵。我只想知道有没有人有这方面的经验。

假设表达式来自野生型 (WT) 和突变体 (M)，它们要么是受刺激的 (S)，要么是未受刺激的 (you)。对于野生型，我有 40 个表达式值，对于突变型，我有 20 个。

因此，当我想知道与野生型相比，突变体中哪些基因的反应不同时，我应该使用哪个公式来对比矩阵：

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40) 

Answer 1

与野生型相比，确定在突变体中反应不同的基因的对比可能是：

makeContrasts('WT - M')

其中M指受刺激和未受刺激的突变细胞。但是，我怀疑，您可能想要类似的东西：

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

这将突出显示 WT 和任一突变细胞之间的变化。