0

所有示例都对大小为 32 的倍数的数组执行扫描。最快的示例使用 256 个或更多线程，每个线程分配 4 个或更多元素。

这意味着，如果我有一个大小为 450 的数组，那么大概我将不得不将它填充到 512 并执行 256 个线程，每个线程分配 2 个元素。

但是，在我的特定情况下，必须填充每个数组是不可行的。

是否有替代解决方案来处理多个奇数大小的数组？有没有办法以某种方式指定宽度？

好的，让我们更清楚。这是一个简化的例子。假设我有 2 个数组，一个数组只是第二个数组的整数偏移列表，其中包含数据。偏移量表示一组单独数据的开始。

两个数组一个作为第二个的偏移量

每组数据的大小都是随机的。我从其他进程中获取数据作为一个块，所以没有简单的方法来填充它们。我想在同一个内核的每个偏移量上运行 BlockScan。

4

1 回答 1

2

让您的索引（偏移）数组为 idx[]。让你的数据数组为 A[]，让扫描的结果在 B[] 中。

  1. 扫描整个数组 A[]，将输出存储在 B[] 中。

  2. 对于 idx[i] 处的每个元素，转到 B[] 中的该索引负 1，检索该值，然后使用 idx[i-1] 处的元素来索引 B[] 中的负 1 并减去该值，然后减去A[] 中相同索引 idx[i]（不负 1）的结果。

  3. 重新扫描 A 到 B。

举个简单的例子：

idx: 0 2 5

0:  1  1  1  1  1  1  1  1
1:  1  2  3  4  5  6  7  8
2:  1  1 -1  1  1 -2  1  1
3:  1  2  1  2  3  1  2  3

在上面的示例中，步骤 2 中的 -1 计算为步骤 1 中索引 (2-1) 处的扫描值减去步骤 1 中索引 (0-1) 处的扫描值（假设为零），然后从原始数据值中减去。步骤 2 中的 -2 计算为步骤 1 中索引 (5-1) 处的扫描值减去步骤 1 中索引 (2-1) 处的扫描值，从原始数据值中减去。

这是一个例子：

$ cat t453.cu
#include <cub/cub.cuh>
#include <iostream>

template <int TPB, int IPT, typename T>
__global__ void k(T *data, int *idx, int n){

    // Specialize BlockScan for a 1D block of TPB threads on type T
    __shared__ T sdata[TPB*IPT*2];
    sdata[threadIdx.x*IPT] = 1;
    __syncthreads();
    typedef cub::BlockScan<T, TPB> BlockScan;
    // Allocate shared memory for BlockScan
    __shared__ typename BlockScan::TempStorage temp_storage;
    // Obtain a segment of consecutive items that are blocked across threads
    int thread_data[IPT];
    thread_data[0] = sdata[threadIdx.x*IPT];
    // Collectively compute the block-wide exclusive prefix sum
    BlockScan(temp_storage).InclusiveSum(thread_data, thread_data);
    __syncthreads();
    sdata[IPT*(threadIdx.x+TPB)] = thread_data[0];
    if ((threadIdx.x < n) && (threadIdx.x > 0)) // assume the first element if idx points to 0
      sdata[idx[threadIdx.x]*IPT] -= (sdata[((idx[threadIdx.x]-1)+TPB)*IPT] - ((threadIdx.x == 1)?0:sdata[((idx[threadIdx.x-1]-1)+TPB)*IPT]));
    __syncthreads();
    thread_data[0] = sdata[threadIdx.x*IPT];
    BlockScan(temp_storage).InclusiveSum(thread_data, thread_data);
    __syncthreads();
    data[threadIdx.x] = thread_data[0];
}

typedef int dtype;
const int nTPB = 256;

int main(){
  int h_idx[] = {0, 4, 7, 32, 55, 99, 104, 200};
  int n = sizeof(h_idx)/sizeof(h_idx[0]);
  std::cout << "n = " << n << std::endl;
  int *d_idx;
  cudaMalloc(&d_idx, n*sizeof(d_idx[0]));
  cudaMemcpy(d_idx, h_idx, n*sizeof(h_idx[0]), cudaMemcpyHostToDevice);
  dtype *h_data, *d_data;
  h_data = new dtype[nTPB];
  cudaMalloc(&d_data, nTPB*sizeof(dtype));
  k<nTPB, 1><<<1,nTPB>>>(d_data, d_idx, n);
  cudaMemcpy(h_data, d_data, nTPB*sizeof(dtype), cudaMemcpyDeviceToHost);
  dtype sum;
  int idx = 0;
  for (int i = 0; i < nTPB; i++){
    if (i == h_idx[idx]) {sum = 0; idx++;}
    sum++;
    std::cout << "gpu: " << h_data[i] << " cpu: " << sum << std::endl;
  }
}
$ nvcc -o t453 t453.cu
$ cuda-memcheck ./t453
========= CUDA-MEMCHECK
n = 8
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
gpu: 34 cpu: 34
gpu: 35 cpu: 35
gpu: 36 cpu: 36
gpu: 37 cpu: 37
gpu: 38 cpu: 38
gpu: 39 cpu: 39
gpu: 40 cpu: 40
gpu: 41 cpu: 41
gpu: 42 cpu: 42
gpu: 43 cpu: 43
gpu: 44 cpu: 44
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
gpu: 34 cpu: 34
gpu: 35 cpu: 35
gpu: 36 cpu: 36
gpu: 37 cpu: 37
gpu: 38 cpu: 38
gpu: 39 cpu: 39
gpu: 40 cpu: 40
gpu: 41 cpu: 41
gpu: 42 cpu: 42
gpu: 43 cpu: 43
gpu: 44 cpu: 44
gpu: 45 cpu: 45
gpu: 46 cpu: 46
gpu: 47 cpu: 47
gpu: 48 cpu: 48
gpu: 49 cpu: 49
gpu: 50 cpu: 50
gpu: 51 cpu: 51
gpu: 52 cpu: 52
gpu: 53 cpu: 53
gpu: 54 cpu: 54
gpu: 55 cpu: 55
gpu: 56 cpu: 56
gpu: 57 cpu: 57
gpu: 58 cpu: 58
gpu: 59 cpu: 59
gpu: 60 cpu: 60
gpu: 61 cpu: 61
gpu: 62 cpu: 62
gpu: 63 cpu: 63
gpu: 64 cpu: 64
gpu: 65 cpu: 65
gpu: 66 cpu: 66
gpu: 67 cpu: 67
gpu: 68 cpu: 68
gpu: 69 cpu: 69
gpu: 70 cpu: 70
gpu: 71 cpu: 71
gpu: 72 cpu: 72
gpu: 73 cpu: 73
gpu: 74 cpu: 74
gpu: 75 cpu: 75
gpu: 76 cpu: 76
gpu: 77 cpu: 77
gpu: 78 cpu: 78
gpu: 79 cpu: 79
gpu: 80 cpu: 80
gpu: 81 cpu: 81
gpu: 82 cpu: 82
gpu: 83 cpu: 83
gpu: 84 cpu: 84
gpu: 85 cpu: 85
gpu: 86 cpu: 86
gpu: 87 cpu: 87
gpu: 88 cpu: 88
gpu: 89 cpu: 89
gpu: 90 cpu: 90
gpu: 91 cpu: 91
gpu: 92 cpu: 92
gpu: 93 cpu: 93
gpu: 94 cpu: 94
gpu: 95 cpu: 95
gpu: 96 cpu: 96
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
gpu: 34 cpu: 34
gpu: 35 cpu: 35
gpu: 36 cpu: 36
gpu: 37 cpu: 37
gpu: 38 cpu: 38
gpu: 39 cpu: 39
gpu: 40 cpu: 40
gpu: 41 cpu: 41
gpu: 42 cpu: 42
gpu: 43 cpu: 43
gpu: 44 cpu: 44
gpu: 45 cpu: 45
gpu: 46 cpu: 46
gpu: 47 cpu: 47
gpu: 48 cpu: 48
gpu: 49 cpu: 49
gpu: 50 cpu: 50
gpu: 51 cpu: 51
gpu: 52 cpu: 52
gpu: 53 cpu: 53
gpu: 54 cpu: 54
gpu: 55 cpu: 55
gpu: 56 cpu: 56
========= ERROR SUMMARY: 0 errors
$

这仍然需要您将数组的“结束”填充到线程块大小。根据您的描述，我假设这应该是可能的，无论如何它对 cub 来说基本上是必要的；cub 期望使用线程块中的每个线程。

对于较大的数组，上述方法可以直接扩展为使用DeviceScan。第 1 步是第一次扫描。第 2 步将是单独的内核启动。第 3 步是第二次扫描。

如果你想让每个线程块对一个段执行扫描，你不需要填充每个段。您只需要填充数组的“结束”，这样最后一次扫描就可以了，甚至这个“填充”操作也可以通过条件加载来完成，而不是实际的填充操作。这是一个例子：

$ cat t455.cu
#include <cub/cub.cuh>
#include <iostream>

template <int TPB, int IPT, typename T>
__global__ void k(T *data, int *idx){
    int lidx = threadIdx.x;
    // Specialize BlockScan for a 1D block of TPB threads on type T
    typedef cub::BlockScan<T, TPB> BlockScan;
    // Allocate shared memory for BlockScan
    __shared__ typename BlockScan::TempStorage temp_storage;
    // Obtain a segment of consecutive items that are blocked across threads
    int thread_data[IPT];
    thread_data[0] = ((lidx+idx[blockIdx.x])>=idx[blockIdx.x+1])?0:data[lidx+idx[blockIdx.x]];
    // Collectively compute the block-wide inclusive prefix sum
    BlockScan(temp_storage).InclusiveSum(thread_data, thread_data);
    __syncthreads();
    if ((lidx+idx[blockIdx.x]) < idx[blockIdx.x+1])
      data[lidx+idx[blockIdx.x]] = thread_data[0];
}

typedef int dtype;
const int nTPB = 128; // sized with IPT to handle the largest segment
const int DS = 256;
int main(){
  int h_idx[] = {0, 4, 7, 32, 55, 99, 104, 200, 256};
  int n = sizeof(h_idx)/sizeof(h_idx[0]);
  std::cout << "n = " << n << std::endl;
  int *d_idx;
  cudaMalloc(&d_idx, n*sizeof(d_idx[0]));
  cudaMemcpy(d_idx, h_idx, n*sizeof(h_idx[0]), cudaMemcpyHostToDevice);
  dtype *h_data, *d_data;
  h_data = new dtype[DS];
  for (int i = 0; i < DS; i++) h_data[i] = 1;
  cudaMalloc(&d_data, DS*sizeof(dtype));
  cudaMemcpy(d_data, h_data, DS*sizeof(h_data[0]), cudaMemcpyHostToDevice);
  k<nTPB, 1><<<n-1,nTPB>>>(d_data, d_idx);
  cudaMemcpy(h_data, d_data, DS*sizeof(dtype), cudaMemcpyDeviceToHost);
  dtype sum;
  int idx = 0;
  for (int i = 0; i < DS; i++){
    if (i == h_idx[idx]) {sum = 0; idx++;}
    sum++;
    std::cout << "gpu: " << h_data[i] << " cpu: " << sum << std::endl;
  }
}
$ nvcc -o t455 t455.cu
$ cuda-memcheck ./t455
========= CUDA-MEMCHECK
n = 9
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
gpu: 34 cpu: 34
gpu: 35 cpu: 35
gpu: 36 cpu: 36
gpu: 37 cpu: 37
gpu: 38 cpu: 38
gpu: 39 cpu: 39
gpu: 40 cpu: 40
gpu: 41 cpu: 41
gpu: 42 cpu: 42
gpu: 43 cpu: 43
gpu: 44 cpu: 44
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
gpu: 34 cpu: 34
gpu: 35 cpu: 35
gpu: 36 cpu: 36
gpu: 37 cpu: 37
gpu: 38 cpu: 38
gpu: 39 cpu: 39
gpu: 40 cpu: 40
gpu: 41 cpu: 41
gpu: 42 cpu: 42
gpu: 43 cpu: 43
gpu: 44 cpu: 44
gpu: 45 cpu: 45
gpu: 46 cpu: 46
gpu: 47 cpu: 47
gpu: 48 cpu: 48
gpu: 49 cpu: 49
gpu: 50 cpu: 50
gpu: 51 cpu: 51
gpu: 52 cpu: 52
gpu: 53 cpu: 53
gpu: 54 cpu: 54
gpu: 55 cpu: 55
gpu: 56 cpu: 56
gpu: 57 cpu: 57
gpu: 58 cpu: 58
gpu: 59 cpu: 59
gpu: 60 cpu: 60
gpu: 61 cpu: 61
gpu: 62 cpu: 62
gpu: 63 cpu: 63
gpu: 64 cpu: 64
gpu: 65 cpu: 65
gpu: 66 cpu: 66
gpu: 67 cpu: 67
gpu: 68 cpu: 68
gpu: 69 cpu: 69
gpu: 70 cpu: 70
gpu: 71 cpu: 71
gpu: 72 cpu: 72
gpu: 73 cpu: 73
gpu: 74 cpu: 74
gpu: 75 cpu: 75
gpu: 76 cpu: 76
gpu: 77 cpu: 77
gpu: 78 cpu: 78
gpu: 79 cpu: 79
gpu: 80 cpu: 80
gpu: 81 cpu: 81
gpu: 82 cpu: 82
gpu: 83 cpu: 83
gpu: 84 cpu: 84
gpu: 85 cpu: 85
gpu: 86 cpu: 86
gpu: 87 cpu: 87
gpu: 88 cpu: 88
gpu: 89 cpu: 89
gpu: 90 cpu: 90
gpu: 91 cpu: 91
gpu: 92 cpu: 92
gpu: 93 cpu: 93
gpu: 94 cpu: 94
gpu: 95 cpu: 95
gpu: 96 cpu: 96
gpu: 1 cpu: 1
gpu: 2 cpu: 2
gpu: 3 cpu: 3
gpu: 4 cpu: 4
gpu: 5 cpu: 5
gpu: 6 cpu: 6
gpu: 7 cpu: 7
gpu: 8 cpu: 8
gpu: 9 cpu: 9
gpu: 10 cpu: 10
gpu: 11 cpu: 11
gpu: 12 cpu: 12
gpu: 13 cpu: 13
gpu: 14 cpu: 14
gpu: 15 cpu: 15
gpu: 16 cpu: 16
gpu: 17 cpu: 17
gpu: 18 cpu: 18
gpu: 19 cpu: 19
gpu: 20 cpu: 20
gpu: 21 cpu: 21
gpu: 22 cpu: 22
gpu: 23 cpu: 23
gpu: 24 cpu: 24
gpu: 25 cpu: 25
gpu: 26 cpu: 26
gpu: 27 cpu: 27
gpu: 28 cpu: 28
gpu: 29 cpu: 29
gpu: 30 cpu: 30
gpu: 31 cpu: 31
gpu: 32 cpu: 32
gpu: 33 cpu: 33
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于 2019-04-27T02:15:35.853 回答