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我有不同物种的大小数据。每个样本代表一个 1 m^2 的礁区（样方；“唯一”）。在任何给定年份（“YrSi”），每个地点都应该有 5 个样方，一个样方中应该有任意数量的物种（有些物种比其他物种多，而且它们经常不同）。我需要根据每个“YrSi”（年份站点组合）和“Taxa”（即物种）的“计数”（即加权平均值）的权重计算“大小”的平均值。例子：

head(df)

         Unique   Yr Si   Qd      YrSi                   Taxa Count Size SLength
6  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     7   10        
7  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     1   15        
8  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     5   20        
9  2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     4   25        
10 2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     4   30        
11 2007-M1-1991 2007 M1 1991 2007 - M1 Carpophyllum flexuosum     1   35

我尝试使用嵌入的 weighted.mean ddply。但是计算是错误的，我对所有 YrSi 中的所有物种都得到了相同的值。我怀疑它在所有物种和样本中应用了 weighted.mean 计算。

wt_mean.df = ddply(df, c("YrSi","Taxa"),
 function(x) weighted.mean(df$Size, df$Count))

head(wt_mean.df)

       YrSi                        Taxa       V1
1 2007 - C1           Buccinulum lineum 21.22346
2 2007 - C1       Cantharidus purpureus 21.22346
3 2007 - C1 Carpophyllum maschalocarpum 21.22346
4 2007 - C1           Cominella virgata 21.22346
5 2007 - C1              Cookia sulcata 21.22346
6 2007 - C1            Ecklonia radiata 21.22346

head(wt_mean.df)

       YrSi                        Taxa       V1
1 2007 - C1           Buccinulum lineum 21.22346
2 2007 - C1       Cantharidus purpureus 21.22346
3 2007 - C1 Carpophyllum maschalocarpum 21.22346
4 2007 - C1           Cominella virgata 21.22346
5 2007 - C1              Cookia sulcata 21.22346
6 2007 - C1            Ecklonia radiata 21.22346

计算是错误的，我对所有 YrSi 中的所有物种都得到了相同的值。我怀疑它将weighted.mean计算应用于所有物种和样本。

tail(wt_mean.df)

          YrSi                 Taxa       V1
1603 2019 - T5   Maoricolpus roseus 21.22346
1604 2019 - T5 Patiriella regularis 21.22346
1605 2019 - T5  Sargassum scabridum 21.22346
1606 2019 - T5 Sargassum sinclairii 21.22346
1607 2019 - T5      Trochus viridus 21.22346
1608 2019 - T5   Zonaria turneriana 21.22346

我究竟做错了什么？为什么我在 V1 中没有得到正确的加权平均值？此外，获得加权 sd 也会很好，但我还没有研究过。请帮忙。

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1 回答 1

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Dplyr 对您来说可能是一个简单的解决方案。

library(dplyr)
output <- df%>%
  group_by(Yr, Si, Taxa) %>%
  summarise(wMean = weighted.mean(Size, Count))
于 2019-04-17T12:54:22.040 回答