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我在 jupyter 中创建了一个名为“rpy2”的新环境并尝试使用%%R魔法,但安装失败。

QN:如何在 jupyter-notebook 中使用 %%R 魔法?

平台:MacOS High Sierra

脚步

jupyter kernelspec list
conda create -n rpy2 python=3.7
source activate rpy2
which pip
/Users/poudel/miniconda3/envs/rpy2/bin/pip install rpy2
conda install ipykernel
python -m ipykernel install --user --name rpy2 --display-name "Py37rpy2"
jupyter-notebook

问题

# Now 
import rpy2 shows no error
import rpy2.rinterface  # gives error

笔记

# I have checked all the files given in error log, all of them exist
  492  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  493  ls /usr/lib/libiconv.2.dylib
  494  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  495  /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  496  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib

All shows given file, and none is missing.

错误

OSError:无法加载库'/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib':dlopen(/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib,2):找不到符号: _libiconv 引用自:/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib 预期于:/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib 中的 /usr/lib/libiconv.2.dylib

更新 正如@akrun 所建议的,我尝试使用pyper,但加载库需要无限时间,并且停止时显示它已损坏管道。

pip install pyper.

在此处输入图像描述

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如果您仍在寻找解决方案,这就是您所需要的。

启动笔记本

%load_ext rpy2.ipython

然后使用 R 魔法函数运行 R 单元

%%R

图书馆(“tidyverse”)

这适用于最新的 rpy2 版本(3.4.5)。

于 2021-07-09T18:36:42.113 回答