我有原始基因计数的 RNA seq 数据，我想将其转换为线性建模。我正在尝试对变换进行加权分析。
数据框：prac_count_10
gene S1 S2 S3 S4 S5
ENG0000456 0 1 10 145 24
ENG0000458 7 2 9 0 0
ENG0000657 76 12 56 10 2
ENG0000689 0 0 0 3 5
代码：
prac_prac_10 <- voom(prac_count_10[,2:5], design=NULL, lib.size=NULL,
normalize.method = "none", span = 0.5
然而，这并没有给出基因样本名称和 logCPM 值的输出。想要一个带有基因 id 和 logCPM 值的输出，用于线性建模。
也试过：
cpm <- cpm(prac_count_10)
lcpm <- cpm(prac_count_10, log=TRUE)