bash - 如何在 BASH 上运行一个使用 GNU 并行接受多个参数的 python 脚本？

Question

我有一个通常从 BASH shell 执行的 python 脚本，如下所示：

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

如您所见，有些参数需要输入（例如-rec），而有些则不需要（例如-neut）。我必须使用不同的输入执行此脚本 154 次。如何使用 GNU 并行脚本并行运行 8 个线程？

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

Answer 1

我想你想要这个：

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您有 8 个以外的 CPU 内核，并且特别想要一次 8 个进程，请使用：

parallel -j8 ...

如果您想查看将在没有实际运行任何内容的情况下运行的命令，请使用：

parallel --dry-run ...

Answer 2

示例commands.txt生成器脚本：

#!/usr/bin/env bash

if [ "$#" -ne 1 ]; then
    echo "missing parameter: n"
    exit 1
fi

rm commands.txt 2> /dev/null 
dockp=$(which dockprep.py)

for((i=1;i<=$1;i++)); do
  echo "pychimera $dockp -rec receptor$i.pdb -lig ligand$i.mol -cmethod gas -neut" >> commands.txt
done

如果您保存上面的 bash 脚本，cmdgen.sh您可以将其运行为：

bash cmdgen.sh 100

如果你需要n100。

并行运行命令：

$ module load parallel
$ parallel < commands.txt