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我正在使用pydicom（pip3在python 3.7上安装，使用Idle），我需要访问pixel_array值。

我只是将提供的示例复制粘贴到文档中，这会导致两个错误：

  • 首先是关于get_testdata_files操作，它不起作用，因为

    Python 3.7.3 (v3.7.3:ef4ec6ed12, Mar 25 2019, 22:22:05) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license()" for more information.
>>> 
==================== RESTART: D:\OneDrive\Desktop\test.py ====================
None
Traceback (most recent call last):
  File "D:\OneDrive\Desktop\test.py", line 8, in <module>
    filename = get_testdata_files("bmode.dcm")[0]
IndexError: list index out of range

我已经解决了这个问题，而不是使用这个操作。

  • 第二个是关于的pixel_array，我无法解码出了什么问题，但似乎pixel_array没有填充。但是，我可以访问数据集中的其他字段，并且可以显示文件（ImageJ例如使用）。

    ==================== RESTART: D:\OneDrive\Desktop\test.py ====================
None

Filename.........: bmode.dcm
Storage type.....: 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1

Patient's name...: Femoral trombenarterectomy, Case Report:
Patient id.......: Case Report 1
Modality.........: US
Study Date.......: 20110824
Image size.......: 768 x 1024, 27472108 bytes
Slice location...: (missing)
Traceback (most recent call last):
File "D:\OneDrive\Desktop\test.py", line 38, in <module>
     plt.imshow(dataset.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 949, in pixel_array
     self.convert_pixel_data()
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 895, in convert_pixel_data
     raise last_exception
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\pydicom\dataset.py", line 863, in convert_pixel_data
arr = handler.get_pixeldata(self)
 File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\pydicom\pixel_data_handlers\pillow_handler.py", line 188, in get_pixeldata
UncompressedPixelData.extend(decompressed_image.tobytes())
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\PIL\Image.py", line 746, in tobytes
self.load()
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\PIL\ImageFile.py", line 261, in load
raise_ioerror(err_code)
File "C:\Users\marcl\AppData\Local\Programs\Python\Python37\lib\site-packages\PIL\ImageFile.py", line 58, in raise_ioerror
raise IOError(message + " when reading image file")

    OSError：读取图像文件时数据流损坏

这是我的代码：

import matplotlib.pyplot as plt
import sys
import pydicom
import numpy
from pydicom.data import get_testdata_files

print(__doc__)
#filename = get_testdata_files("bmode.dcm")[0]
filename = "bmode.dcm"
dataset = pydicom.dcmread(filename)

# Normal mode:
print()
print("Filename.........:", filename)
print("Storage type.....:", dataset.SOPClassUID)
print()

pat_name = dataset.PatientName
display_name = pat_name.family_name + ", " + pat_name.given_name
print("Patient's name...:", display_name)
print("Patient id.......:", dataset.PatientID)
print("Modality.........:", dataset.Modality)
print("Study Date.......:", dataset.StudyDate)

if 'PixelData' in dataset:
    rows = int(dataset.Rows)
    cols = int(dataset.Columns)
    print("Image size.......: {rows:d} x {cols:d}, {size:d} bytes".format(
        rows=rows, cols=cols, size=len(dataset.PixelData)))
    if 'PixelSpacing' in dataset:
        print("Pixel spacing....:", dataset.PixelSpacing)


# use .get() if not sure the item exists, and want a default value if missing
print("Slice location...:", dataset.get('SliceLocation', "(missing)"))

# plot the image using matplotlib
plt.imshow(dataset.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()

你能帮我解决这两个错误并访问 pixel_array 值吗？不要犹豫，给我一些建议/备注/...

谢谢！

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1 回答 1

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嗨，马克欢迎来到 SO！

您的第一个错误意味着get_testdata_files返回一个空列表，因此找不到您的文件。查看pydicom 源代码，它显示在[DATA_ROOT]/test_files. 您的文件是否位于该路径中？

您的第二个错误与 PIL 有关，并且很难调试和修复。首先尝试从提供的测试文件pixel_array之一创建的数据集中读取。如果可行，您的问题可能是 PIL 无法处理图像数据的特定编码。您想安装和使用 GDCM而不是 PIL 以查看是否可以解决问题。另一个用户遇到了和你类似的问题，GDCM 解决了这个问题。不幸的是，开始工作可能有点让人头疼。或者看看这个页面，它显示了查看图像数据的其他一些选择。

于 2019-04-03T09:46:21.370 回答