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这个简单的代码：

library(GenomicRanges)

GRanges(c("chr1", "chr1", "chr1"), c(109810200, 109810201, 109810544))

失败并出现相当神秘的异常：

validObject(.Object) 中的错误：无效类“GRanges”对象：1：“x@seqnames”不平行于“x”无效类“GRanges”对象：2：“x@strand”不平行于“x”

此外，当我尝试提供seqlengths：

GRanges(
  c("chr1", "chr1", "chr1"), 
  c(109810200, 109810201, 109810544),
  seqlengths=c(1, 1, 1))

我得到：

.normargSeqlengths(seqlengths, seqnames) 中的错误：提供的“seqlengths”的长度必须等于序列的数量

这表明在此过程中丢弃了一些数据。但我无法弄清楚它为什么会发生。

对于这里发生的事情的任何见解，我将不胜感激。

环境：

> sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Debian GNU/Linux buster/sid

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.8.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.8.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets 
[8] methods   base     

other attached packages:
[1] GenomicRanges_1.34.0 GenomeInfoDb_1.18.2  IRanges_2.16.0      
[4] S4Vectors_0.20.1     BiocGenerics_0.28.0 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] zlibbioc_1.28.0        compiler_3.5.2         XVector_0.22.0        
[4] GenomeInfoDbData_1.2.0 RCurl_1.95-4.12        bitops_1.0-6
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1 回答 1

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我遇到了同样的错误。然后我将 seqnames 和 range 都转换为字符，有趣的是它起作用了！

于 2019-04-03T06:44:35.653 回答