我有一个带有数千个分数列(tomap)的 GRanges 对象,另一个带有感兴趣区域且没有元数据(roi)的对象。我正在尝试将tomap中每一列的最大分数映射到roi中的相应间隔。
我还想保留分数列的名称(在我的真实数据中,这些名称是有意义的,不能像 score1、score2 等那样概括)。我可以为特定的列做到这一点,但正在努力将其推广到每一列。
这是我到目前为止所得到的:
library(GenomicRanges)
tomap <- GRanges(
seqnames = Rle(c("chr1"), c(10)),
ranges = IRanges(1:10*10, end = 1:10*10+5),
score1 = runif(10),score2=runif(10),score3=runif(10),score4=runif(10),score5=runif(10))
roi <- GRanges(
seqnames = Rle(c("chr1"), c(5)),
ranges = IRanges(1:5*20 + floor(runif(5)*4), width = 10))
hits <- findOverlaps(roi, tomap, ignore.strand = TRUE)
ans<-roi
mcols(ans) <- aggregate(tomap, hits, score1=max(score1), score2= max(score2))
ans
#GRanges object with 5 ranges and 3 metadata columns:
# seqnames ranges strand | grouping score1 score2
# <Rle> <IRanges> <Rle> | <ManyToManyGrouping> <numeric> <numeric>
# [1] chr1 22-31 * | 2,3 0.326366489753127 0.925836584065109
# [2] chr1 42-51 * | 4,5 0.92806151532568 0.897841389290988
# [3] chr1 62-71 * | 6,7 0.980487102875486 0.940743445185944
# [4] chr1 83-92 * | 8,9 0.798293181695044 0.381754550151527
# [5] chr1 101-110 * | 10 0.872806148370728 0.953412540955469
如您所见,这在我单独指定每个分数列时有效,但是如何为数千列执行此操作?