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当我使用 Rcpp 独立获取源时，我有一个在 R 中工作的 C++ 函数，但是当我将它包含在已编译的 R 包中时，我不断收到以下错误：error: arma::memory::acquire(): out of memory. 在这篇文章中，我提供了 C++ 代码，其中包含Znew_gen2我想在编译的 R 包中使用的函数。使用一个工作示例，我可以证明该Znew_gen2函数在我独立获取它时（在 R 包之外）是有效的。但是，当我从名为 的示例 R 包中调用相同的函数时HelpWithZnewgen2，该函数不再起作用，并且出现错误error: arma::memory::acquire(): out of memory。这篇文章中提到的所有代码都可以在 GitHub 存储库https://github.com/hheiling/myrepo_R中找到。

这里提供了我的工作示例：

# Working Example:

library(bigmemory)
library(Matrix)

set.seed(1)
U = matrix(rnorm(3000), nrow=100, ncol=30)
Z = matrix(rnorm(15000), nrow = 500, ncol = 30)
group = rep(1:10, each = 50)
cols = c(1,11,21)
n = 500
q = 3
d = 10 
Znew = big.matrix(nrow = nrow(Z)*nrow(U), ncol = 6)
J_SpMat = Matrix(0, 9, 6, sparse = TRUE)
  sumy = 0
  sumx = 0
  zeros = 0
  for(i in 1:3){
    J_SpMat[ sumx + zeros + 1:(3 - (i-1)), sumy + 1:(3 - (i-1))] = diag((3 - (i-1)))
    sumy = sumy + (3 - (i-1))
    sumx = sumy
    zeros = zeros + i
  }

当我运行工作示例并使用 sourceCPP 调用 Znew_gen2 函数时，如下所示，该函数运行没有错误。

library(Rcpp)

## Code to download the "Znew_gen2.cpp" file from the GitHub repo and 
## specify where you want the file to download to:
destination_file = "Source_Code_Znew_gen2.cpp" 
  # Can specify however you like, but must not have spaces in the filename
download.file(url = "https://raw.githubusercontent.com/hheiling/myrepo_R/master/Znew_gen2.cpp", 
              destfile = destination_file)
sourceCpp(file = destination_file)

# Calling the sourced `Znew_gen2` function:
Znew_gen2(U, Z, group, cols, n, q, d, Znew@address, J_SpMat)

## Output:

# First For Loop 
# Second For Loop 
# End of Function

但是，当我将这个相同的 Znew_gen2 函数放在 R 包中并从 R 包中调用此函数时，我收到错误：error: arma::memory::acquire(): out of memory. 出于说明目的，我创建了一个名为的 R 包HelpWithZnewgen2，并使用名为 的包装函数调用 Znew_gen2 Rcpp 函数Znew_gen2.Rfunction。

# Instructions to download the `HelpWithZnewgen2` package:
library(devtools)
library(remotes)
install_github("hheiling/myrepo_R", subdir = "HelpWithZnewgen2")

library(HelpWithZnewgen2)

# Calling the function from the compiled package:
Znew_gen2.Rfunction(U, Z, group, cols, n, q, d, Znew@address, J_SpMat)

收到的错误：

# error: arma::memory::acquire(): out of memory
# Error in Znew_gen2(U, Z, group, cols, n, q, d, pBigMat, J) : 
#   std::bad_alloc

在另一个设置中，我尝试从 R 包中的另一个函数中调用 Znew_gen2 函数，并且在内存分配方面遇到了类似的错误。

因为代码本身在来自 R 包之外时有效，我怀疑我的问题与我的 R 包的设置方式有关。通过在线搜索，如果以下一个或多个组件存在问题，我不会感到惊讶：Znew_gen2.cpp“使用命名空间 Rcpp”行之前的行、我的描述文件或文件中可能缺少的某些Makevars行R包的。尽管我怀疑（这可能不正确，因为我对编写 R 包比较陌生），但我无法解决这个问题。因此，我将不胜感激有关如何解决此问题的任何建议。

Github repo https://github.com/hheiling/myrepo_RZnew_gen2提供了代码（文件Znew_gen2.cpp，https://github.com/hheiling/myrepo_R/blob/master/Znew_gen2.cpp）和包组件的更多详细信息。由于我不确定这些详细信息中的哪些（如果有）与回答问题相关，因此未在此处发布。HelpWithZnewgen2

上面的所有代码都在文件Stack Overflow Example.R https://github.com/hheiling/myrepo_R/blob/master/Stack%20Overflow%20Example.R中提供。

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我在评论中暗示应该尝试将您的问题分解为更小的问题。我只是试了一下。鉴于执着

 error: arma::memory::acquire(): out of memory
 Error in Znew_gen2(U, Z, group, cols, n, q, d, Znew@address, J_SpMat) : 
   std::bad_alloc
 Execution halted

我添加了代码来检查您的参数，实际上是

 Rcpp::Rcout << "n*nMC is " << n*nMC << ", J.ncols is " << J.n_cols << std::endl;

我懂了

 n*nMC is 50000, J.ncols is 25769803830

所以目前你的问题不在于bigmemory对象，而在于稀疏矩阵。

稍后编辑：原来问题可能是您使用#define ARMA_64BIT_WORD它使矩阵尺寸超出 int了这些 YUGE 值的外观。如果我删除了它，您的代码就会运行。

所以重新吸取了教训：让问题越来越小，这里的意思是把你对稀疏矩阵的使用从bigmemory矩阵的使用中分解出来。

于 2019-03-23T21:43:29.987 回答