python - “模块”对象不可调用 - Bio.IUPAC

Question

当我尝试时，

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)

为什么我会遇到以下错误：

TypeError: 'module' object is not callable

PS：这是 BioPython's Cookbook 中的一个示例

Answer 1

在 BioPython 源代码中，“Seq”类位于路径“/Seq/Seq.py”中的文件“ Seq.py ”中

含义...您需要导入 Seq（一个文件），这意味着它是一个“模块”，然后在“模块”“Seq”中调用“Seq”类

所以试试这个：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

如果您在 Python 中对导入的内容和调用的内容感到困惑，可以这样做：

import Bio.Seq
print type(Bio.Seq)
>>> <type 'module'>
print type(Bio.Seq.Seq)
>>> <type 'classobj'>

Answer 2

本给出了一个很好的明确答案，解释了这个问题。我猜你把例子复制错了，

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> my_prot = Seq("AGTACACTGGT", IUPAC.protein)
>>> my_prot
Seq('AGTACACTGGT', IUPACProtein())
>>> my_prot.alphabet
IUPACProtein()

至少，这就是它目前所说的http://www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

请注意，如果 Biopython 对模块使用 seq（小写字母）和类使用 Seq（标题大小写），则可以避免混淆的原因——这是 Python 现在推荐的做法，请参阅http://www.python.org /dev/peps/pep-0008/