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我认为这是 Stack Overflow 上一个完全独特的问题。首先是一些背景：

我被要求在名为 BRCAPRO (brack-a-pro) 的计算引擎之上编写一个新的 GUI。BRCAPRO 基于名为 BayesMendel 的软件实现了孟德尔计算模型。BRCAPRO 计算被专门从事癌症治疗的医生和外科医生用来向患者展示：

  • 根据他们的遗传和家族史被诊断出患有癌症的可能性。
  • 基于不同治疗形式和/或这些治疗开始年龄的预期寿命变化。

我已经做了足够的研究，知道 BRCAPRO 公式太复杂了，无法在我自己的代码中合理地实现。

现有一个众所周知的（癌症医生）软件包，称为 CancerGene：http ://www8.utsouthwestern.edu/utsw/cda/dept47829/files/65844.html 。这个程序很旧，在 Windows 95 上运行，包括计算引擎，用于我的客户端无法使用的几种癌症。理想情况下，我的客户希望他的应用程序在网络上运行，以便他可以轻松地与其他医生共享信息。

我的任务是使用基于 BRCAPRO 引擎的 CancerGene 应用程序，并且：

  1. 复制 90% 的功能
  2. 删除不必要的功能
  3. 修改报告的输出
  4. 如果可能，使其基于网络

现在我的问题：

有人知道如何针对 BRCAPRO 进行编码吗？我用 Google 搜索了两天，没有发现任何 API 文档或开发信息。维基百科说 BayesMendel 建模软件是用 R 编写的，但我不知道 BRCAPRO 是用什么编写的。我对 R 一无所知。

需要说明的是，我不需要修改 BRCAPRO 的行为或计算引擎。我只需要知道如何输入它，以便它返回数字给我。

-- 编辑以添加更多信息 --

我在上面的链接中下载了 CancerGene 应用程序并安装了它。有少量文档，包括 BRCAPRO 期望接收的数据格式。在不涉及不必要的细节的情况下，BRCAPRO 需要矩阵格式的数据，其中每一列代表一个遗传特征，每一行代表一个家庭成员。现在，我只需要知道从 Web/Windows 表单中收集到该矩阵后如何将其传递给 BRCAPRO 引擎。

希望 Stack Overflow 上有几个医生/开发人员！

KN

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根据此链接：

BRCAPRO 模型现在包含在 R 包 BayesMendel 中，用于载体概率 [原文如此] 预测。

所以看起来你从 R 中使用它。

BayesMendel包的文档至少可以帮助您入门。虽然看起来你将不得不学习 R。:)

于 2009-02-16T09:43:18.207 回答
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我认为没有人能够将完整应用程序的代码放入一个小窗口中，但我会根据我的处理方式给你一些想法：

  1. 安装R
  2. 安装BayesMendel包——这包括BRCAPRO例程
  3. 安装RPy——一个 Python 到 R 的桥
  4. RPy基于Python编写的代码，用于将您的数据导入R、将其转换为数据框，并使用 的组件分析数据框BRCAPROBayesMendel
  5. 将分析输出桥BayesMendel接到brcaResults您编写的类
  6. brcaResults使用许多 Python GUI 框架中的任何一种将访问器包装到GUI 中的类中

这是执行此操作的一种方法的概述。

这种方法的好处是它应该很容易粘合在一起并与新BRCAPRO功能保持同步。

于 2009-02-25T12:31:12.673 回答