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我使用vegan包对一些植被数据的时间序列进行了排序。由于排序图通常包含许多数据点，因此我提取了前两个排序轴的特征值并取每组的平均值。现在我每个站点只有一个点（总共 11 个站点）为了仍然显示一些变化，我添加了具有标准偏差和 95% 置信区间的椭圆： 在此处输入图像描述

我要做的最后一件事是用箭头连接同一组（A、B 或 C）的点，指示随时间变化的方向。所有的运动都是从右到左。

我最初想在 中使用该ordiarrow函数vegan，但这仅在 class 为decorana. 我的班级是factor.

使用ggplot2似乎不是一个有效的选项，因为ordiellipse函数（创建省略号）在那里不起作用。

绘制数据的代码：

install.packages("vegan")
library(vegan)
plot(Ord_KIKKER, type = "n", main = "Kikkervalleien",
     xlab = "DCA1 Eigenvalue = 0.62", ylab = "DCA2 Eigenvalue = 0.39")


points(ORD_KIKKER, cex = 2, pch = 19,
       col = c("black", "black", "black", "red","red", "green", "green", "green", "blue", "blue", "blue"))

生成的图看起来有点不同，因为我在这里发布了一个简化的数据集。

我的数据（Ord_KIKKER）：

structure(list(DCA1 = c(2.676616032, 0.361181861, -1.363464067, 
3.176862449, -0.087190269, 2.059548542, 0.167440366, -0.459090096, 
1.571536367, 0.309623788, -0.25787459), DCA2 = c(0.276788721, 
0.422077659, 0.181723453, 0.221610649, 0.940063655, -0.116083905, 
-0.539375059, -0.545053063, -0.06120542, -0.367148924, -1.679257818
), Unique = structure(c(1L, 5L, 8L, 2L, 9L, 3L, 6L, 10L, 4L, 
7L, 11L), .Label = c("2001A", "2001B", "2001C", "2001D", "2008A", 
"2008C", "2008D", "2018A", "2018B", "2018C", "2018D"), class = "factor"), 
    BLOCK = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 
    4L), .Label = c("A", "B", "C", "D"), class = "factor")), .Names = c("DCA1", 
"DCA2", "Unique", "BLOCK"), class = "data.frame", row.names = c("2001A", 
"2008A", "2018A", "2001B", "2018B", "2001C", "2008C", "2018C", 
"2001D", "2008D", "2018D"))
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vegan::ordiarrows()如果你只给它有分数的变量，它将起作用：

ordiarrows(Ord_KIKKER[,1:2], Ord_KIKKER$BLOCK) # one way

但是，您还应该记住asp=1在初始图中强制轴的纵横比相等。

我无法进行全面测试，因为该图无法用您发布的数据复制：如果您plot(Ord_KIKKER, ...)使用数据框发布，您将不会得到普通图，而是所有变量相互对比的面板图（pairs()图），并且还给出参数错误type = "n"。看来您改用了一些非标准的图形工具，我不确定标准的R图形是否vegan::ordiarrows()可以与这些工具结合使用。

于 2019-03-10T12:30:15.510 回答