bioinformatics - 转换为 BCF 之前的 vcf 文件修改

Question

我正在将新的 vcf 文件添加到以前制作的 bcf 文件中，其中 VCF 中的 ID 字段已设置为CHR:POS:POS:REF:ALT？

如何将 VCF 中的 ID 字段设置为CHR:POS:POS:REF:ALT？

Answer 1

我相信你正在寻找这个--set-id选项。从http://www.htslib.org/doc/bcftools.html的文档：

要分配 ID：

bcftools annotate --set-id +'%CHROM\_%POS\_%REF\_%FIRST_ALT' file.vcf