igraph
使用带有 Fruchterman-Reingold 布局算法的包呈现大图(> 10000 个节点;> 10000 条边) 。一些异常节点会使可视化变得困难,99% 的节点挤在一起,而 1% 的异常节点位于很远的地方。例如,99.9% 的节点位于 0 到 10 之间,但 0.1%的节点位于 10000 之外。问题是如何控制这些异常节点以呈现所有节点。
这是一个示例,其中 0.2% 的异常值节点使完整呈现变得困难。
> library(igraph)
> ig <- erdos.renyi.game(12000,1/10000,directed=TRUE,loops=FALSE)
> set.seed(12)
> ig.layout <- layout_with_fr(ig)
> apply(ig.layout,2,quantile,c(0,0.001,0.01,0.1,0.9,0.99,0.999,1))
[,1] [,2]
0% -54.7584289 -58.192821
0.1% -49.8806632 -51.090376
1% -29.7822097 -33.073435
10% -0.2196407 -1.170996
90% 10.1564691 10.513665
99% 2026.5245335 737.739440
99.9% 16433.7302032 13168.400710
100% 22614.7986797 22284.309659